Predikce sekundární struktury RNA sekvencí
Loading...
Date
Authors
Klímová, Markéta
ORCID
Advisor
Referee
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Sekundární struktura RNA hraje roli v mnoha biologických procesech. Efektivní predikce této struktury může poskytnout informace pro další zkoumání těchto procesů. V současnosti existuje mnoho dostupných programů pro predikci sekundární struktury RNA, některé pracují s jednou sekvencí RNA, jiné využívají více zarovnaných sekvencí organismů se společným předkem. U většiny metod jsou stále problémem pseudouzly. Tato práce představuje některé metody, veřejně dostupný software a popisuje vlastní realizaci metody minimalizace volné energie.
RNA secondary structure is very important in many biological processes. Efficient structure prediction can give information for experimental investigations of these processes. Many available programs for secondary structure prediction exist. Some of them use single sequence, the others use more related sequences. Pseudoknots are still problematic for most methods. This work presents several methods and publicly available software and the implementation of minimum free energy method is described.
RNA secondary structure is very important in many biological processes. Efficient structure prediction can give information for experimental investigations of these processes. Many available programs for secondary structure prediction exist. Some of them use single sequence, the others use more related sequences. Pseudoknots are still problematic for most methods. This work presents several methods and publicly available software and the implementation of minimum free energy method is described.
Description
Citation
KLÍMOVÁ, M. Predikce sekundární struktury RNA sekvencí [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2015.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Biomedicínské inženýrství a bioinformatika
Comittee
prof. Ing. Jiří Jan, CSc. (předseda)
Ing. Vratislav Harabiš, Ph.D. (místopředseda)
doc. RNDr. Martin Kovár, Ph.D. (člen)
doc. Mgr. Ctirad Hofr, Ph.D. (člen)
Ing. Denisa Maděránková, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2015-06-10
Defence
doc. Hofr položil otázku: Jak byly vytvořeny obrázky prezentované v práci. Jak by se dal algoritmus upravit k získání korektních výsledků.
doc. Kovár položil otázku: Jaké složky má volné energie?
Studentka obhájila diplomovou práci s výhradami a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení