Predikce sekundární struktury RNA sekvencí

Abstract

Sekundární struktura RNA hraje roli v mnoha biologických procesech. Efektivní predikce této struktury může poskytnout informace pro další zkoumání těchto procesů. V současnosti existuje mnoho dostupných programů pro predikci sekundární struktury RNA, některé pracují s jednou sekvencí RNA, jiné využívají více zarovnaných sekvencí organismů se společným předkem. U většiny metod jsou stále problémem pseudouzly. Tato práce představuje některé metody, veřejně dostupný software a popisuje vlastní realizaci metody minimalizace volné energie.RNA secondary structure is very important in many biological processes. Efficient structure prediction can give information for experimental investigations of these processes. Many available programs for secondary structure prediction exist. Some of them use single sequence, the others use more related sequences. Pseudoknots are still problematic for most methods. This work presents several methods and publicly available software and the implementation of minimum free energy method is described.