Identifikace vybraných bakterií v sýrech pomocí PCR

Abstract

Táto práca je zameraná na identifikáciu a druhovú špecifikáciu 44 kmeňov klostridií s využitím molekulárne-genetických metód. Bola použitá DNA z baktérií vyizolovaných zo syrov s defektom neskorého durenia. Amplifikovatežnosť prečistenej DNA nariedenej na 10 ng/µl bola overená pomocou PCR s univerzálnymi primermi. Rodová PCR využívajúca primery špecifické pre rod Clostridium potvrdila, že všetky vzorky patria práve do tohto rodu. Na základe druhovo špecifických PCR metód sa jednoznačne určila príslušnosť 7 kmeňov k druhu Clostridium butyricum a 12 kmeňov k druhu Clostridium tyrobutyricum. 15 vzoriek DNA bolo identifikovaných ako zmiešané kultúry, zvyšných 10 kmeňov nebolo zaradených do druhu. Pomocou PCR boli hžadané kmene, ktoré nesú gén kódujúci hydrogenázu hydA. Z identifikovaného súboru boli špecifické PCR produkty pre tento gén detekované u 30 kmeňov. Intenzívny amplikon dávali všetky kmene druhu C. butyricum.This work is focused on identification and species specification of a collection of 44 clostridial strains using molecular-genetic methods. DNA of bacteria isolated from late-blowing defected cheeses was used. The purified DNA was diluted to 10 ng/µl and its ability to be amplified was verified by PCR with universal primers. By genus-specific PCR was proved that DNA of all samples belongs to Clostridium genus. Based on species-specific PCR reactions, it was determined that 7 strains belong to C. butyricum and 12 strains belong to C. tyrobutyricum. 15 strains were positively detected in both species-specific PCRs and therefore identified as mixed cultures. Another 10 strains were not classified into tested species. Strains with the gene encoding the enzyme hydrogenase hydA were searched using PCR. Specific PCR products for this gene were detected in 30 strains of the analysed collection. Especially intense were the amplicons by all strains belonging to C. butyricum species.