Identifikace neznámých bakteriálních genomů pomocí online databázového nástroje
Loading...
Date
Authors
Nejezchlebová, Julie
ORCID
Advisor
Referee
Mark
B
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Diplomová práce se zabývá vytvořením automatického softwarového nástroje Bacterial Explorer, který umožňuje odhalení nových bakterií za pomoci dostupných bioinformatických nástrojů. Nástroj je vytvořen v souladu s požadavky Výzkumného ústavu veterinárního lékařství (VÚVeL) a je testován na datech z poskytnuté VÚVeL databáze. Teoretická část je věnována popisu bakteriální typizace, metodám, které se používají pro genomickou analýzu a již dostupným nástrojům pro bakteriální typizaci. V praktické části se práce zaměřuje na implementaci automatického softwarového nástroje s názvem Bacterial Explorer zahrnující popis nástrojů na pozadí vytvořeného nástroje, uživatelské prostředí a implementaci do online databáze VÚVeL. V poslední části se praktická část zabývá testováním nástroje a diskusí výsledků.
This master's thesis deals with the develop of an automatic software tool - Bacterial Explorer which allows the discovery of unknown bacteria using available bioinformatics tools. The tool is developed in accordance with the requirements of the Veterinary Research Institute (VRI) and is tested on data from the provided VRI database. The theoretical part is dedicated to the description of bacterial typing, methods used for genomic analysis, and already available tools for bacterial typing. In the practical part, the thesis focuses on the implementation of the automatic software tool called Bacterial Explorer, including a description of the tools behind the created tool, the user interface and implementation in the online database of VRI . The final part of the practical section deals with tool testing and discussion of the results.
This master's thesis deals with the develop of an automatic software tool - Bacterial Explorer which allows the discovery of unknown bacteria using available bioinformatics tools. The tool is developed in accordance with the requirements of the Veterinary Research Institute (VRI) and is tested on data from the provided VRI database. The theoretical part is dedicated to the description of bacterial typing, methods used for genomic analysis, and already available tools for bacterial typing. In the practical part, the thesis focuses on the implementation of the automatic software tool called Bacterial Explorer, including a description of the tools behind the created tool, the user interface and implementation in the online database of VRI . The final part of the practical section deals with tool testing and discussion of the results.
Description
Citation
NEJEZCHLEBOVÁ, J. Identifikace neznámých bakteriálních genomů pomocí online databázového nástroje [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
bez specializace
Comittee
prof. Pharm.Dr. Petr Babula, Ph.D. (předseda)
Ing. Lukáš Smital, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Jan Odstrčilík, Ph.D. (člen)
Ing. Roman Jakubíček, Ph.D. (člen)
Ing. Helena Vítková, Ph.D. (člen)
Mgr. Bc. Darina Čejková, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2024-06-10
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Dr. Vítková se doptala obrázek s výsledky. Kolik je falšně pozitivních/negativních výsledků? Dr. Vítková se dále doptala na detekci celogenomovou, jak byla provedena? Jaký je tedy praktický užitek této aplikace? Dr. Jakubíček se zeptal, co je myšleno průnikem metod? Na ose y v prezentaci máte "Hodnota", co to znamená?
Studentka obhájila diplomovou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení