Simulátor čtení pro bakteriální RNA-Seq
Loading...
Date
Authors
Fialová, Adéla
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Tato práce se zaměřuje na analýzu bakteriálního genomu, měření jeho exprese především prostřednictvím technologie RNA-Seq a na simulaci RNA-Seq dat. První část práce poskytuje teoretický základ o struktuře bakteriálního genomu, jeho expresi a metodách jejího studia, včetně moderních sekvenačních technik. Pozornost je věnována i několika vybraným simulátorům RNA-Seq dat. V druhé části je představena vlastní implementace simulátoru, navržená pro zohlednění charakteristik bakteriálního genomu, zejména přítomnosti operonů.
This thesis is dedicated to the analysis of the bacterial genome, measurement of its expression mainly by RNA-Seq technology and simulation of RNA-Seq data. The first part of the thesis provides a theoretical background on the structure of the bacterial genome, its expression and methods to study it, including modern sequencing techniques. Several selected simulators of RNA-Seq data are also mentioned. In the second part, the actual simulator implementation is presented, designed to take into account the characteristics of the bacterial genome, in particular the presence of operons.
This thesis is dedicated to the analysis of the bacterial genome, measurement of its expression mainly by RNA-Seq technology and simulation of RNA-Seq data. The first part of the thesis provides a theoretical background on the structure of the bacterial genome, its expression and methods to study it, including modern sequencing techniques. Several selected simulators of RNA-Seq data are also mentioned. In the second part, the actual simulator implementation is presented, designed to take into account the characteristics of the bacterial genome, in particular the presence of operons.
Description
Citation
FIALOVÁ, A. Simulátor čtení pro bakteriální RNA-Seq [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
bez specializace
Comittee
prof. Ing. Marek Penhaker, Ph.D. (předseda)
doc. Ing. Jana Kolářová, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Lukáš Smital, Ph.D. (člen)
Ing. Kateřina Šabatová (člen)
MUDr. Tibor Stračina, Ph.D. (člen)
Mgr. Veronika Bulková, Ph.D., MHA. (člen)
Date of acceptance
2024-06-11
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky. Prof. Penhaker položil otázku, jakým způsobem by se dalo zbavit senzitivity bakterie pomocí DNA úpravy? Doc. Kolářová položila otázku týkající se zápisu FASTQ skóre.
Studentka obhájil bakalářskou práci a odpověděl na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení