Simulátor čtení pro bakteriální RNA-Seq

Abstract

Tato práce se zaměřuje na analýzu bakteriálního genomu, měření jeho exprese především prostřednictvím technologie RNA-Seq a na simulaci RNA-Seq dat. První část práce poskytuje teoretický základ o struktuře bakteriálního genomu, jeho expresi a metodách jejího studia, včetně moderních sekvenačních technik. Pozornost je věnována i několika vybraným simulátorům RNA-Seq dat. V druhé části je představena vlastní implementace simulátoru, navržená pro zohlednění charakteristik bakteriálního genomu, zejména přítomnosti operonů.This thesis is dedicated to the analysis of the bacterial genome, measurement of its expression mainly by RNA-Seq technology and simulation of RNA-Seq data. The first part of the thesis provides a theoretical background on the structure of the bacterial genome, its expression and methods to study it, including modern sequencing techniques. Several selected simulators of RNA-Seq data are also mentioned. In the second part, the actual simulator implementation is presented, designed to take into account the characteristics of the bacterial genome, in particular the presence of operons.