Molekulární charakterizace vybraných kmenů klostridií izolovaných ze sýrů

Abstract

Práce byla zaměřena na molekulární charakterizaci 42 bakteriálních kmenů rodu Clostridium. DNA byla izolována fenol-chloroformovou extrakcí a vysrážena ethanolem. Poté byla provedena rodová a druhová identifikace studovaných kmenů. Ze 42 testovaných kmenů bylo 19 z nich zařazeno do druhu Clostridium tyrobutyricum a 3 byly zařazeny do druhu Clostridium butyricum. DNA všech kmenů byla testována metodou PCR se specifickými primery HGf a HGr na přítomnost genu pro hydrogenázu hydA. U 21 vzorků byla prokázána přítomnost genů kódujících uvedenou hydrogenázu. Pro vytvoření fingerprintových profilů studovaných kmenů byly použity primery (GTG)5 (rep-PCR) a Pr1 a Pr6 (RAPD). Dále byla za různých podmínek studována kultivace kmene Clostridium tyrobutyricum S5. Kultivace byla prováděna za anaerobních podmínek v tekutém živném médiu RCM, ve kterém byla glukóza nahrazena laktózou nebo syrovátkou. Růst bakteriálních buněk byl sledován při laboratorní teplotě (20-23 °C) a při 37 °C; pH média se pohybovalo v rozmezí 4,0 až 8,0 s rozdílem 0,5 jednotky.The study was focused on molecular characterization of 42 clostridial strains. DNA was isolated by fenol-chloroform extraction procedure and precipitated with ethanol. After DNA isolation, PCR amplifications with specific primer sets were used for genus and species identification. Finally 19 strains were clasified as Clostridium tyrobutyricum and 3 strains were clasified as Clostridium butyricum. Presence of hydrogenase gene hydA was tested by PCR amplification using specific primer set HGf and HGr. Presence of hydrogenase gene was detected within 21 strains. (GTG)5 primer (rep-PCR) and Pr1 and Pr6 primers (RAPD) were used for differentiation of clostridial strains. Next, the cultivation of Clostridium tyrobutyricum S5 was studied under different conditions. The cultivation was carried out in liquid Reinforced Clostridial Medium (RCM) with lactose and cheese whey instead of glucose under anaerobe conditions. Growth was observed at laboratory temperature (20 to 23 °C) and at 37 °C, pH values ranging from 4.0 to 8.0 with 0.5 unit.