Vyhledávání příbuzných proteinů s modifikovanou funkcí

Abstract

Proteinové inženýrství je dynamicky se rozvíjecí obor s velkým množstvím potenciálních aplikací v praxi. Úspěch v tomto oboru je však podmíněn co nejlepším využitím všech dostupných informací o proteinech, k čemuž se využívá množství bioinformatických nástrojů a analýz. Cílem této práce je vytvoření nového nástroje na podporu proteinového inženýrství, který by umožnil vyhledávání příbuzných proteinů s modifikovanou funkcí ve stále rostoucích proteinových databázích. Návrh tohoto nástroje je koncipován jako spojení řady existujících bioinformatických analýz a umožní identifikovat příbuzné proteiny se stejným typem enzymatické funkce, avšak s mírně modifikovanými vlastnostmi, především z hlediska selektivity, reakční rychlosti a stability.Protein engineering is a young dynamic discipline with great amount of potential practical applications. However, its success is primarily based on perfect knowledge and usage of all existing information about protein function and structure. To achieve that, protein engineering is supported by plenty of bioinformatic tools and analysis. The goal of this project is to create a new tool for protein engineering that would enable researchers to identificate related proteins with modified function in still growing biological databases. The tool is designed as an automated workflow of existing bioinformatic analyses that leads to identification of proteins with the same type of enzymatic function, but with slightly modified properties - primarily in terms of selectivity, reaction speed and stability.