Predikce malých RNA u vybraných bakteriálních producentů bioplastů
Loading...
Date
Authors
Heřmánková, Kristýna
ORCID
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Využití bakterií v biotechnologii vyžaduje důkladné pochopení schopností použitých bakterií pro maximalizaci výtěžku. To platí například pro výrobu bioplastů, kde konkurenceschopnost s levnějšími plasty na bázi fosilních paliv závisí také na ceně procesu pro získání požadovaného výtěžku. Nahlédnutí do regulačních mechanismů bakterií, jako je regulace pomocí malých RNA, která zajišťuje rychlou reakci především na stresové podmínky, může pomoct odhalit jejich vlastnosti a posoudit tak jejich využitelnost v biotechnologiích. Tato diplomová práce se zabývá zpracováním bakteriálních transkriptomických dat, které byly sekvenovány pomocí RNA-Seq. Práce je zaměřena zejména na predikci malých RNA u poskytnuté bakterie, slibného kandidáta pro využití v biotechnologii. Cílem je získat přehled o malých RNA v této bakterii, zejména analyzovat potenciální regulaci syntézy PHA malými RNA, které by mohly rozšířit přehled o využitelnosti bakterie pro produkci PHA.
The utilization of bacteria in biotechnology requires a thorough understanding of the capabilities of the bacteria used to maximise the yield. This is applicable, for example, in the production of bioplastics, where competitiveness with cheaper fossil fuel-based plastics depends also on the price of the process to obtain the desired yield. The insight into regulatory mechanisms of bacteria, such as regulation by small RNAs, which ensures a rapid response to stress conditions in particular, can reveal their characteristics and thus assess their use in biotechnology. This thesis deals with bacterial transcriptomic data sequenced with RNA-Seq. Especially, work is focused on the prediction of small RNAs in provided bacterium, a promising candidate for use in biotechnology. The aim is to gain insight into the regulation by sRNAs in this bacterium, in order to analyze the potential regulation of PHA synthesis by small RNAs, which could expand the insight into the utility of the bacterium for PHA production.
The utilization of bacteria in biotechnology requires a thorough understanding of the capabilities of the bacteria used to maximise the yield. This is applicable, for example, in the production of bioplastics, where competitiveness with cheaper fossil fuel-based plastics depends also on the price of the process to obtain the desired yield. The insight into regulatory mechanisms of bacteria, such as regulation by small RNAs, which ensures a rapid response to stress conditions in particular, can reveal their characteristics and thus assess their use in biotechnology. This thesis deals with bacterial transcriptomic data sequenced with RNA-Seq. Especially, work is focused on the prediction of small RNAs in provided bacterium, a promising candidate for use in biotechnology. The aim is to gain insight into the regulation by sRNAs in this bacterium, in order to analyze the potential regulation of PHA synthesis by small RNAs, which could expand the insight into the utility of the bacterium for PHA production.
Description
Citation
HEŘMÁNKOVÁ, K. Predikce malých RNA u vybraných bakteriálních producentů bioplastů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
en
Study field
bez specializace
Comittee
prof. Pharm.Dr. Petr Babula, Ph.D. (předseda)
Ing. Lukáš Smital, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Jan Odstrčilík, Ph.D. (člen)
Ing. Roman Jakubíček, Ph.D. (člen)
Ing. Helena Vítková, Ph.D. (člen)
Mgr. Bc. Darina Čejková, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2024-06-10
Defence
Studentka prezentovala výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Prof. Babula okomentoval růstové křivky. Dr. Čejková se zeptala na further analysis.
Studentka obhájila diplomovou práci a odpověděla na otázky členů komise a oponenta.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení