Akcelerace Burrows-Wheelerovy transformace s využitím GPU
Loading...
Date
Authors
Zahradníček, Tomáš
Advisor
Referee
Mark
C
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
ORCID
Abstract
Tato práce se zabývá Burrows-Wheelerovou transformací (BWT) a možnostmi akcelerace této transformace na grafickém procesoru (GPU). Jsou představeny metody komprese založené na BWT. Pro práci s GPU jsou představeny softwarové knihovny CUDA a OpenCL. Jsou implementovány paralelní varianty BWT i následných kroků potřebných ke kompresi, s použitím knihovny CUDA. Je testována míra komprese použitých přístupů a paralelní verze jsou porovnány s jejich sekvenčními implementacemi.
This thesis deals with Burrows-Wheeler transform (BWT) and possibilities of acceleration of this transform on graphics processing unit (GPU). Methods of compression based on BWT are introduced, as well as software libraries CUDA and OpenCL for writing programs for GPU. Parallel variants of BWT are implemented, as well as following steps necessary for compression, using CUDA library. Amount of compression of used approaches are tested and parallel versions are compared to their sequential counterparts.
This thesis deals with Burrows-Wheeler transform (BWT) and possibilities of acceleration of this transform on graphics processing unit (GPU). Methods of compression based on BWT are introduced, as well as software libraries CUDA and OpenCL for writing programs for GPU. Parallel variants of BWT are implemented, as well as following steps necessary for compression, using CUDA library. Amount of compression of used approaches are tested and parallel versions are compared to their sequential counterparts.
Description
Keywords
Burrows-Wheelerova transformace , BWT , GPU , CUDA , komprese , akcelerace , paralelní algoritmy , Burrows-Wheeler transform , BWT , GPU , CUDA , compression , acceleration , parallel algorithms
Citation
ZAHRADNÍČEK, T. Akcelerace Burrows-Wheelerovy transformace s využitím GPU [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2019.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
cs
Study field
Inteligentní systémy
Comittee
doc. Ing. František Zbořil, Ph.D. (předseda)
doc. Mgr. Adam Rogalewicz, Ph.D. (místopředseda)
doc. Ing. Michal Bidlo, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Lukáš Burget, Ph.D. (člen)
Ing. František Grézl, Ph.D. (člen)
Prof. RNDr. Mária Lucká, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2019-06-17
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných. Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm C. Otázky u obhajoby: Jaký je podíl vlastního kódu a převzatých programů. Kolik obrázků je vlastních a které byly převzaty z literatury, včetně popisovaných principů. Jaké vývojové prostředí bylo použito při tvorbě programů.
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena