Profilování bakteriálního metylomu pomocí nanoporového sekvenování
Loading...
Date
Authors
Tesák, Filip
ORCID
Advisor
Referee
Mark
F
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract
Metylácia DNA je jednou z najčastejšie pozorovaných epigenetických modifikácií. Vyskytuje sa u eukaryotov a prokaryotov a súvisí s mnohými epigenetickými procesmi. Takýmito procesmi môžu byť napríklad antibiotická rezistencia a virulencia vyskytujúce sa v celej rade bakteriálnych kmeňov, vrátane kmeňov označovaných ako patogénne. Rozšírené používanie technológií sekvenovania tretej generácie umožňuje priamu detekciu metylačných profilov v celom genóme, čo ponúka čoraz väčšie možnosti na pochopenie a potlačenie týchto epigenomických mechanizmov.
DNA methylation is one of the most frequently observed epigenetic modifications. It occurs in both eukaryotes and prokaryotes and is associated with many epigenetic processes. Such processes can include antibiotic resistance and virulence found in a wide range of bacterial strains, including those classified as pathogenic. The widespread use of third-generation sequencing technologies enables the direct detection of methylation profiles across the entire genome, offering increasing opportunities to understand and suppress these epigenomic mechanisms.
DNA methylation is one of the most frequently observed epigenetic modifications. It occurs in both eukaryotes and prokaryotes and is associated with many epigenetic processes. Such processes can include antibiotic resistance and virulence found in a wide range of bacterial strains, including those classified as pathogenic. The widespread use of third-generation sequencing technologies enables the direct detection of methylation profiles across the entire genome, offering increasing opportunities to understand and suppress these epigenomic mechanisms.
Description
Citation
TESÁK, F. Profilování bakteriálního metylomu pomocí nanoporového sekvenování [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
sk
Study field
bez specializace
Comittee
doc. Mgr. Ing. Karel Sedlář, Ph.D. (předseda)
Ing. Jiří Chmelík, Ph.D. (místopředseda)
Ing. Martin Králík (člen)
Ing. Markéta Jakubíčková, Ph.D. (člen)
MUDr.Ing. Richard Ředina (člen)
Date of acceptance
2024-08-29
Defence
Student prezentoval výsledky své práce a komise byla seznámena s posudky.
Doc. Sedlář položil otázku: Jak je možné porovnat výstupní heatmapy jinak než vizuálně? Jakou metriku byste využil? Který korelační koeficient byste použil?
Ing. Chmelík položil otázku: Vysvětlete, proč byla instalace Python knihoven a dalších nástrojů časově náročná? Proč postup instalace není přiložen k práci? Jak dlouho trval výpočet výsledků a na jakých strojích jste výpočet prováděl?
Ing. Jakubíčková položila otázku: Prováděl jste výpočty na grafické kartě? Proč jste pro sestavování genomu zvolil nástroj unicycler? Jaké byly výstupy po sestavení genomu? Kolik kontigů jste získal? Byly kruhové? Detekoval jste geny virulence a rezistence na chromozomu nebo na plazmidech? Jak jste prováděl filtrování čtení?
Komise se usnesla, že praktická část není dostatečně splněna. Student tedy neobhájil diplomovou práci.
Result of defence
práce nebyla úspěšně obhájena
Document licence
Standardní licenční smlouva - přístup k plnému textu bez omezení