Stanovení profilu antibiotické rezistence u hybridně sestavených bakteriálních genomů

Abstract

Antibiotická rezistencia je vážny problém vo väčšine spôsobený zmenami v bakteriálnom genóme. Získavanie a uchovávanie spoľahlivých bakteriálnych genomických dát je preto nevyhnutné pre štúdium mechanizmov a prenosu antibiotickej rezistencie. Táto práca popisuje bakteriálny genóm, antibiotickú rezistenciu a nástroje pre jej identifikáciu spolu s procesmi nevyhnutnými pre zisk genómov, sekvenáciu a skladanie. Sústreďuje sa na hybridné skladanie genómov spravidla vysoko rezistentných baktérií Klebsiella pneumoniae a ich nasledujúcich analýz. Cieľom týchto analýz je skonštruovať profily antibiotických rezistencií a určiť fylogenetickú príbuznosť genómov.Antibiotic resistance is a severe problem largely caused by changes in bacterial genome. The acquisition and storage of reliable bacterial genomic data is, therefore, vital for the study of mechanisms and transfer of antibiotic resistance. This thesis describes bacterial genome, antibiotic resistance and tools for its identification along with processes necessary for genome acquisition, sequencing and assembly. It focuses on hybrid assembly of genomes of generally highly resistant bacteria Klebsiella pneumoniae and subsequent analysis of this genomes. The purpose of the analysis is construction of antibiotic resistance profiles and determination of phylogenetic relatedness between the genomes.