Interaktivní databáze pro úschovu a údržbu biologických dat
Loading...
Date
Authors
Dúbrava, Juraj Ondrej
Advisor
Referee
Mark
A
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
ORCID
Abstract
Cieľom tejto práce je vytvorenie novej databázy dát pre proteínovú stabilitu, ktorá bude udržiavať a poskytovať experimentálne dáta. Výsledkom práce je databáza FireProtDB, ktorá poskytuje manuálne overené experimentálne dáta z dostupných zdrojov a implementuje grafické užívateľské rozhranie, ktoré poskytuje dôležité informácie o dátach spoločne s možnosťou vyhľadávania umožňujúcim vytvárať dotazy na mieru a cieliacim na užívateľov, ktorí hľadajú dáta pre vytváranie dátových sád pre nástroje využívajúce strojové učenie.
The main focus of this thesis is to develop a novel database of protein stability data that will focus on storage and maintenance of the experimental data. The result is a novel database FireProtDB, providing manually curated experimental data from all available sources, while presenting the data via implemented graphical user interface. The user interface provides all necessary information stored in the database with ability to search data using advanced search engine to create customized search queries targeting users seeking data for construction of the machine learning datasets.
The main focus of this thesis is to develop a novel database of protein stability data that will focus on storage and maintenance of the experimental data. The result is a novel database FireProtDB, providing manually curated experimental data from all available sources, while presenting the data via implemented graphical user interface. The user interface provides all necessary information stored in the database with ability to search data using advanced search engine to create customized search queries targeting users seeking data for construction of the machine learning datasets.
Description
Keywords
Citation
DÚBRAVA, J. Interaktivní databáze pro úschovu a údržbu biologických dat [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií. 2021.
Document type
Document version
Date of access to the full text
Language of document
en
Study field
Bioinformatika a biocomputing
Comittee
prof. Ing. Lukáš Sekanina, Ph.D. (předseda)
doc. Dr. Ing. Otto Fučík (místopředseda)
doc. Ing. Vladimír Drábek, CSc. (člen)
Ing. Zbyněk Křivka, Ph.D. (člen)
doc. Ing. Tomáš Martínek, Ph.D. (člen)
Ing. Aleš Smrčka, Ph.D. (člen)
Date of acceptance
2021-06-21
Defence
Student nejprve prezentoval výsledky, kterých dosáhl v rámci své práce. Komise se poté seznámila s hodnocením vedoucího a posudkem oponenta práce. Student následně odpověděl na otázky oponenta a na další otázky přítomných (např. počet návštěvníků vytvořené databáze, podíl na vytvořené vědecké publikaci, ověření současných dat členy týmu a délka validačního procesu). Komise se na základě posudku oponenta, hodnocení vedoucího, přednesené prezentace a odpovědí studenta na položené otázky rozhodla práci hodnotit stupněm A - výborně . Otázky u obhajoby: Proč se databáze zaměřuje pouze na jednobodové mutace resp. vidíte možnost rozšíření vaší práce i o vícebodové mutace? Mohou externí uživatelé i přispívat do vytvořené databáze popř. jak plánujete do budoucna udržovat obsah databáze aktuální?
Result of defence
práce byla úspěšně obhájena