SCHNEIDERWINDOVÁ, N. Využití molekulárních technik k charakterizaci kvasinek rodu Metschnikowia [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2022.
Předložená diplomová práce Bc. Nicole Schneiderwindové je zaměřena na využití molekulárních technik k charakterizaci kvasinek rodu Metschnikowia. Cílem práce bylo zoptimalizovat postupy izolace intaktní genomové DNA a charakterizovat několik kvasinek rodu Metschnikowia pomocí pulzní gelové elektroforézy, také zavést novou metodu denaturační gradientové gelové elektroforézy, která by napomohla lepší charakterizaci a odlišení těchto kvasinek jednoho rodu od sebe. V teoretické části práce byla sepsána přehledná literární rešerše zabývající se danou tematikou. Mimo jiné popisuje možnosti provedení a využití molekulárních metod k charakterizaci kvasinek a aplikace metod v biotechnologii případně potravinářství. Studentka k sepsání rešerše využila řadu převážně zahraniční literatury. V rámci řešení praktické části práce byla nejdřív optimalizována izolace genomové DNA, následně správné nastavení podmínek separace pomocí PFGE. Dále byly zavedeny a optimalizovány postupy nested-PCR pro úseky DNA na D1/D2 domény velké ribozomální podjednotky 26S rDNA a ve vnitřní oblasti ITS. Získané PCR amplikony byly dále podrobeny separaci pomocí DGGE. Studentka zpracovala rozsáhlou a časově náročnou práci. Získané výsledky následně vyhodnotila a vhodně interpretovala. Přestože někdy bojovala se správnou formulací při vlastním sepisování práce, případné připomínky se snažila vhodným způsobem zapracovat. Pravidelně konzultovala samotný průběh teoretické i experimentální části práce. Získané výsledky přinesly zajímavé poznatky, které jsou odrazovým můstkem pro navazující práce. Veškeré dílčí cíle práce byly splněny, práci hodnotím známkou výborný (A) a doporučuji k obhajobě.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Kvalita zpracování výsledků | B | ||
| Interpretace výsledků, jejich diskuse | B | ||
| Závěry práce a jejich formulace | B | ||
| Splnění požadavků zadání | A | ||
| Studium literatury a její zpracování | A | ||
| Využití poznatků z literatury | A | ||
| Využívání konzultací při řešení práce | A | ||
| Celkový přístup k řešení úkolů | A |
Ve své diplomové práci se Bc. Nicole Schneiderwindová věnovala charakterizaci kvasinek pomocí molekulárně biologických technik. Jedná se o originální práci, která je klasicky rozvržena, úvod je zpracován na 23 stranách, experimentální část na 38 stranách a práce obsahuje 85 citací. Práce je čtivě napsaná, jen některé pasáže zabývající se stejnou tématikou jsou zbytečně rozděleny do několika odstavců. Autorka popisuje nejprve kvasinky obecně a pak se věnuje zejména rodu Metschnikowia a popisu metod. V rámci experimentální části použila celou řadu metod včetně metody PCR, denaturační gelovou gradientovou elektroforéza (DGGE) a pulzní gelovou elektroforézu (PFGE). Bylo použito celkem 8 kmenů kvasinek ze kterých byla izolována DNA pro výše uvedené analýzy. V práci je celkem 20 obrázků, u některých působí zmatečně číslování zprava doleva a obrázky jsou s velikými okraji bez vzorků – to nepůsobí dobře. Části bez informační hodnoty by bylo možné mít pouze v příloze. U některých obrázků gelů jsou popisky přímo v gelu (např. Obrázek 17) – pro publikace je nutné popisky dávat pouze mimo oblast fotografie. Jinak je práce velmi systematicky napsaná a doporučuji ji k obhajobě a navrhuji známku A. K práci mám následující dotazy: 1. Jsou některé z testovaných kvasinek již sekvenovány? 2. Kde byly získány sekvence použitých „univerzální eukaryotické primery“? Bylo by možné použít druhově specifické primery? 3. Na obrázku 16 jsou vidět proužky i před startem 1 a mezi starty 1 a 2? Co je v těchto startech za vzorky a proč jsou mezi některými vzorky starty vynechány a mezi některými ne?
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků zadání | A | ||
| Logické členění práce | A | ||
| Kvalita zpracování výsledků | C | ||
| Interpretace výsledků, jejich diskuse | A | ||
| Využití literatury a její citace | A | ||
| Úroveň jazykového zpracování | A | ||
| Formální úroveň práce – celkový dojem | B | ||
| Závěry práce a jejich formulace | A |
eVSKP id 139089