PELIKÁNOVÁ, V. Nástroj pro testování kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2016.
Studentka Veronika Pelikánová se ve své práci zaměřila na srovnání kvality vícenásobného zarovnání realizovaného pomocí nejpoužívanějších online dostupných nástrojů. K tomuto účelu vytvořila program s praktickým grafickým uživatelským rozhraním doplněný o přehlednou uživatelskou příručku. Vytvořený nástroj použila k vypracování statistického srovnání představených nástrojů na referenčních datech získaných ze specializovaných databází. Součástí předložené práce je i hodnotná literární rešerše nástrojů pro mnohonásobné zarovnání a databází, parametrů a algoritmů používaných pro vyhodnocení jeho kvality. To je podloženo 37 referencemi z převážně zahraničních periodik. Po formální i odborné stránce je práce na výborné úrovni. Studentka přistupovala k řešení práce aktivně a své výsledky pravidelně konzultovala.
Předložená bakalářská práce studentky Veroniky Pelikánové je po formální stránce na velice dobré úrovni. Odborná úroveň je taktéž vynikající. Snad bych jen vytkla občasnou těžkopádnost některých formulací. Studentka otestovala 8 nejčastěji používaných nástrojů pro vícenásobné zarovnání sekvenčních dat a vyhodnotila jejich kvalitu na základě čtyř parametrů. Testování bylo provedeno na dostatečném souboru reálných dat, ke kterým je dostupné referenční zarovnání. Získané výsledky jsou podrobně diskutovány a považuji je za hodnotné. Vytvořený uživatelský nástroj určený k porovnání zarovnání z různých nástrojů může pomoci vybrat na základě několika hodnotících parametrů nejlepší zarovnání pro daná data. Správné zarovnání je klíčové pro další bioinformatické analýzy jako je např. konstrukce fylogenetických stomů. Dále oceňuji práci s množstvím odborných zahraničních publikací. Zadání práce bylo bezezbytku splněno a práci hodnotím 98 body.
eVSKP id 93502