Nástroj pro predikci small RNA v RNA-Seq datech - Pomykalová, Barbora (Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2023)
Tato diplomová práce se zaměřuje na problematiku detekce small RNA (sRNA) v bakteriálním genomu. Small RNA jsou krátké nekódující transkripty, které hrají klíčovou roli v genové expresi. K dnešnímu dni existuje několik algoritmů zaměřujících se na detekci sRNA z RNA-Sequencing (RNA-Seq) dat, jež mohou být získána z některých sekvenačních platforem. Nejčastěji jsou používány platformy Illumina či Ion Torrent, spadající do nové generace sekvenování, a PacBio s Oxford Nanopore patřící do třetí generace sekvenování. V této práci byly popsány principy detekce sRNA u volně dostupných nástrojů a následně byl navržen vlastní nástroj pro detekci sRNA – nástroj SEARCHsRNA. Dva z volně dostupných nástrojů – Rockhopper a DETR’PROK, společně s nástrojem SEARCHsRNA, byly otestovány na datech RNA-Seq pro bakterii Vibrio atlanticus LGP32.

This diploma thesis focuses on the detection of small RNA (sRNA) in the bacterial genome. sRNAs are short non-coding transcripts that play a key role in gene expression. To date, there are several algorithms focusing on the detection of sRNAs from RNA-Sequencing (RNA-Seq) data that can be obtained by some of the sequencing platforms. The most frequently used platforms are Illumina and Ion Torrent belonging to the next generation sequencing and PacBio with Oxford Nanopore belonging to the third generation of sequencing. In this work, the workflow of sRNA detection using freely available tools was described and then an own unique tool for sRNA detection – the SEARCHsRNA tool – was designed. Two open-source software tools – Rockhopper and DETR'PROK, together with newly created tool, were tested on RNA-Seq data for bacteria Vibrio atlanticus LGP32.
A tool for prediction of small RNA in RNA-Seq data
Keywords: small RNA; RNA-Seq; nekódující RNA; genová exprese; regulace; sekvenační platformy; predikce sRNA; small RNA; RNA-Seq; non-coding RNA; gene expression; regulation; sequencing platforms; prediction of sRNA