Vývoj postupu pro MLST typování Treponema pallidum subsp. pallidum - Taliánová, Eliška (Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2024)
Práce se zabývá problematikou MLST typování Treponema pallidum subsp. pallidum. Tato spirochetní bakterie způsobuje nemoc syfilis. MLST typování představuje významný zdroj informací, jak o sekvenčních změnách genů, tak o jejich dopadech na patogenitu této bakterie. Snaží se navrhnout postup pro určení alelického profilu s využitím SRA dat. Využívá BWA mapování na referenční genom.

This thesis is focused on MLST typing Treponema pallidum subsp. pallidum. This spirochete bacterium causes the disease syphilis. MLST typing represents an important source of information, both on the sequence changes of genes and on their impact on the pathogenicity of this bacterium. It tries to design a metod for obtaining the allelic profile using SRA data. It uses BWA mapping to the reference genome.
Development of the workflow for MLST typing of Treponema pallidum subsp. pallidum
Keywords: MLST typování; Treponema pallidum subsp. pallidum; syfilis; SRA databáze; BWA; TP0136; TP0548; TP0705; kmen Nichols; kmen SS14; MLST typing; Treponema pallidum subsp. pallidum; syphilis; SRA database; BWA; TP0136; TP0548; TP0705; Nichols strain; SS14 strain