Simulace šíření ultrazvuku v kostech - Kadlubiak, Kristián (Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií, 2017)
Odhaduje sa, že v roku 2012 sa objavilo celosvetovo neuveriteľných 14.1 milióna nových prípadov rakoviny. Toto číslo je alarmujúce. Napriek tomu, že zdravý životný štýl môže zredukovať riziko vzniku rakoviny, vždy existuje istá pravdepodobnosť, že sa rakovina objaví aj u úplne zdravého jedinca. Na úspech liečenia rakoviny majú vplyv najmä dva faktory.  Po prvé -  včasná diagnostika je absolútne nevyhnutná,  po druhé - musí existovať vhodná operačná metóda na odstránenie poškodeného tkaniva. V obidvoch prípadoch má ultrazvuk veľký potenciál ako neinvazívna metóda. Fotoakustická spektroskopia je zobrazovacia metóda so skvelými vlastnosťami, založená na princípe ultrazvuku, schopná detegovať tumor.  High-Intensity Focused Ultrasound (HIFU) je neinvazívny chirurgický postup. Tieto metódy by však neboli možné bez presnej simulácie šírenia ultrazvuku. Balíček k-Wave je open source toolbox pre MATLAB, ktorý implementuje tieto simulácie. Vyvstáva otázka,  prečo nie sú tieto metódy bežne používané v praxi? Dôvodom je fakt, že simulácia šírenia ultrazvuku je veľmi časovo náročná operácia, čo robi tieto metódy neefektívnymi. Avšak existujú spôsoby akcelerácie takýchto simulácií. Implementácia simulácie na GPU je veľmi perspektívny prístup k akcelerácií.     Hlavnou úlohou tejto diplomovej práce je akcelerácia simulácie šírenia ultrazvuku v kostiach a iných tvrdých tkanivách. Implementácia vyvinutá v rámci diplomovej práce bola testovná na rôznych superpočítačoch ako napríklad Anselm v Ostrave alebo Piz Daint v Lugane. Implementované riešenie dosahuje pozoruhodné zrýchlenie v porovnaní s originálnym prototypom v prostredí MATLAB. V najlepšom prípade bola implementácia schopná urýchliť simuláciu približne 160 násobne. To znamená, že simulácia, ktorá by za iných okolností trvala 6,5 dňa, je dnes dokončená za jednu hodinu. Toto zrýchlenie bolo dosiahnuté počas simulácie s rozmermi 416x416x416  bodov a za použitia karty NVIDIA Tesla P100. Diplomová práca obsahuje porovnanie výkonu na rôznych grafických kartách, aby čitateľovi umožnila komplexnejší náhľad na akceleračné schopnosti vyvinutej implementácie a tiež poskytuje bližší pohľad na pamäťovú náročnosť a numerickú presnosť aplikácie. Vďaka schopnosti aplikácie naplno využiť potenciál grafických kariet, majú lekári a vyskumníci z celého sveta  v rukách mocný nástroj.

It is estimated that mind-boggling 14.1 million new cases of cancer occurred worldwide in 2012 alone. This number is alarming. Although healthy lifestyle may reduce a risk of developing cancer, there is always some probability that cancer would develop even in an absolutely fit individual. There are two main conditions for successful treatment of cancer. Firstly, early diagnostic is absolutely crucial. Secondly, there is a need for suitable surgical methods for affected tissue removal. Ultrasound has a great potential to be used for both purposes as a non-invasive method. Photoacoustic spectroscopy is imaging method for tumor detection of great properties making the use of ultrasound while High-Intensity Focused Ultrasound (HIFU) is non-invasive surgical method. These methods would be impossible without precise ultrasound propagation simulations. The k-Wave is an open source MATLAB toolbox implementing such simulations. So, why are not these methods already deployed in treatment? Unfortunately, the simulation of ultrasound propagation is a very time consuming task, which makes it ineffective for medical purposes. However, there are a few options how to accelerate these simulations. The use of GPU is a very promising way to accelerate simulation.   The main topic of this thesis is the acceleration of the simulation of soundwaves propagation in bones and hard tissue. The implementation developed as a part of this thesis was benchmarked on various supercomputers including Anselm in Ostrava and Piz Daint in Lugano. The implemented solution provides remarkable acceleration compared to the original MATLAB prototype. It was able to accelerate the simulation around 160 times in the best case. It means that the simulation, which would otherwise last for 6.5 days, can be now computed in one hour. This acceleration was achieved using an NVIDIA Tesla P100 to run the simulation with the domain size of 416x416x416 grid points. The thesis includes performance benchmarks on different GPUs to provide complex image acceleration capabilities of developed implementation and provides discussion about memory usage and numerical accuracy. Thanks to the implemented solution harnessing the power of modern GPUs, doctors and researchers all around the world have a powerful tool in hands.
Simulation of Ultrasound Propagation in Bones
Keywords: GPGPU; HPC; CUDA; k-Wave; simulácia šírenia ultrazvuku; GPGPU; HPC; CUDA; k-Wave; ultrasound propagation simulation