Nástroj pro testování kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí - Pelikánová, Veronika (Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2016)
Tato bakalářská práce se zabývá testováním kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí. Obsahuje literární rešerši veřejně dostupných nástrojů vícenásobného zarovnání. Stěžejní bod práce tkví v programu pro testování kvality vícenásobného zarovnání (vytvořené pomocí různých nástrojů, při odlišném nastavení, aj.). Program má uživatelské rozhraní vytvořené v Matlabu a je k práci přiložen společně se souborem nukleotidových a proteinových sekvencí, sestavených za účelem testování a aplikování programu. V neposlední řadě je v práci obsaženo hodnocení veřejně dostupných nástrojů vytvořené na základě výpočtů programu.

This thesis is dealing with quality assessment of multiple sequence alignments. It contains literature review of public available tools of multiple sequence alignments. The main part of this thesis focuses on the program on quality assessment of multiple sequence alignments (created with the help of various tools, using different settings, etc.). The program has a graphical user interface created in Matlab and is enclosed together with a set of nucleotide and protein sequences compiled for program testing and aplication. Last but not least, the thesis contains the assessment of public available tools resulting from program outputs.
A tool for assessing the quality of multiple sequence alignments
Keywords: Vícenásobné zarovnání; vodící strom; penalizace mezer; Z-skóre; entropie; suma párů; sloupcové skóre; Multiple sequence alignment; guide tree; gap penalty; Z-score; entropie; Sum of pair; column score