Shlukování proteinových sekvencí na základě podobnosti primární struktury - Jurásek, Petr (Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií)
Diplomová práce je zaměřena na shlukování proteinových sekvencí na základě podobnosti primárních struktur. Seznamuje s daty v podobě aminokyselin, které tvoří primární strukturu proteinů. Představuje základní algoritmy pro porovnávání podobnosti proteinových sekvencí. Popisuje shlukovou analýzu a metody shlukování. Praktickou část práce představuje návrh vzdálenostní funkce pro proteiny a implementace metod shlukování AGNES, k-means, k-medoids v jazyce Python.

This master's thesis consider clustering of protein sequences based on primary structure of proteins. Studies the protein sequences from they primary structure. Describes methods for similarities in the amino acid sequences of proteins, cluster analysis and clustering algorithms. This thesis presents concept of distance function based on similarity of protein sequences and implements clustering algorithms ANGES, k-means, k-medoids in Python programming language.
Clustering of Protein Sequences Based on Primary Structure of Proteins
Keywords: Molekulární biologie; DNA; aminokyselina; protein; proteinové sekvence; dynamické programování; Needleman-Wunsch algoritmus; Smith-Waterman algoritmus; substituční matice; PAM; BLOSUM; shlukování; shluková analýza; AGNES; k-means; k-medoids; Molecular biology; DNA; amino acid; protein; primary structure of protein; dynamic programing; Needleman-Wunsh algorithm; Smith-Waterman algorithm; scoring matrix; PAM; BLOSUM; clustering; cluster analysis; AGNES; k-means; k-medoids