In-silico modelování signální dráhy v Arabidopsis thaliana - Havlíčková, Sabina (Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2025)
Tato bakalářská práce se zabývá studiem mechanismů rostlinných signálních drah se zaměřením na jejich roli v reakcích na abiotický stres a strategie přežití v nepříznivých podmínkách. Kombinuje teoretické poznatky s praktickými aplikacemi, včetně in-silico modelování signálních drah kyseliny abscisové (ABA) pomocí nástrojů AEON a GINsim. Práce zdůrazňuje význam výpočetních přístupů pro pochopení dynamiky vybraných drah a srovnává jednotlivé modelovací metody. Za využití dat z databáze KEGG a odborné literatury poskytuje text základ pro analýzu booleovských vztahů mezi proměnnými a nabízí možnosti dalšího výzkumu v oblasti rostlinné biologie a počítačového modelování.

This bachelor's thesis deals with the study of plant signaling pathway mechanisms, with an emphasis on their role in responses to abiotic stress and survival strategies under adverse conditions. It combines theoretical knowledge with practical applications, including in-silico modeling of abscisic acid (ABA) signaling pathways using the AEON and GINsim tools. The thesis highlights the importance of computational approaches for understanding the dynamics of selected pathways and compares various modeling techniques. Utilizing data from the KEGG database and scientific literature, the text lays the groundwork for Boolean relationship analysis between variables and offers opportunities for further research in plant biology and computational modeling.
In-silico signaling pathway modeling in Arabidopsis thaliana
Keywords: Boolean analýza; Signální dráhy; Kyselina abscisová; In-silico modelování; Výpočetní biologie rostlin; Boolean analysis; Signaling pathways; Abscisic acid; In-silico modeling; Plant computational biology