Nástroj pro simulaci a plánování bakteriální typizace metodou repPCR - Seďová, Karolína (Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií, 2025)
Bakalářská práce se zabývá vývojem výpočetního nástroje pro simulaci a plánování bakteriální typizace metodou rep-PCR. Cílem práce je navrhnout, implementovat a otestovat algoritmus, který umožní in-silico predikci amplifikovaných fragmentů DNA na základě zadaných genomových sekvencí a primerů, včetně specifikace jejich degenerovaných pozic. Výsledky simulace jsou vizualizovány ve formě elektroforetického profilu, imitujícího výstup z gelové elektroforézy.

The bachelor’s thesis focuses on the development of a computational tool for simulation and planning of bacterial typing using the rep-PCR method. The aim of the thesis is to design, implement and test an algorithm that enables in-silico prediction of amplified DNA fragments based on given genomic sequences and primers, including specification of their degenerate positions. The simulation results are visualized in the form of an electrophoretic profile, imitating the output of gel electrophoresis.
Tool for simulation and planning of bacterial typing by repPCR
Keywords: Bakteriální typizace; Polymerázová řetězová reakce s repetitivními elementy; rep-PCR; Automatizovaná kapilární elektroforéza na čipu; Pozičně specifická skórovací matice; PSSM; Simulace DNA fragmentace; Klebsiella pneumoniae.; Bacterial typing; Repetitive-element polymerase chain reaction; rep-PCR; Automated chip capillary electrophoresis; Position-specific scoring matrix; PSSM; DNA fragmentation simulation; Klebsiella pneumoniae.