SPANAKIS, M. Metagenomická analýza střevního mikrobiomu u zvířat dle typu diety [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2023.
Předložená bakalářská práce na téma “Metagenomická analýza střevního mikrobiomu u zvířat dle typu diety” je vypracována na celkem 42 stranách od úvodu po závěr. V práci je citováno 52 zdrojů, především anglicky psané odborné literatury. Práce je po formální stránce na dobré úrovni. Práce se zabývá aktuálním tématem analýzy mikrobiomu. V práci jsou porovnávané mikrobiomy různých druhů zvířat a cílem je srovnat jejich mikrobiom v závislosti na preferované dietě. Teoretický úvod práce považuji za dobře zpracovaný a poskytující dostatečný přehled do studované problematiky. V praktické části pak student sestavil dataset a navrhl postup řešení a analýzy experimentu. Dataset se sestává z 8 druhů zvířat a od každého zvířete jsou analyzovány 3 vzorky. Stažená sekvenační data student vhodně začistil a upravil a kvalitu dat správně popisuje. Sekvenační data byla následně s pomocí frameworku QIIIME2 zpracována v rámci navrženého postupu metagenomické analýzy. Tento postup je následně implementován a k jeho spouštění student využil možností gridového počítání a služeb Metacentra. Diskuse by si zasloužila mírného rozšíření, zejména o podmínkách výběru datasetu a také zevrubnější diskusi zvolených metrik analýzy kompozice a diverzity. Při analýze se prokázala značná diverzita nejen v rámci dietních skupin, ale intraheterogenita vzorků od stejného zvířete. Tento fakt by bylo vhodné více rozvést. Způsob citování jmen autorů v seznamu literatury by mohl být jednotný. Oceňuji zejména reporty a vizualizace ve formě elektronické přílohy práce. Vzhledem k výše zmíněnému považuji práci za dobrou a hodnotím stupněm B/80b.
Cílem bakalářská práce Martina Spanakise je porovnat střevní mikrobiom zvířecích zástupců býložravců, masožravců a všežravců a identifikovat taxony bakterií, které se vyskytují nebo naopak nevyskytují u jednotlivých skupin zvířat. Teoretická část práce čtenáře seznámí s pojmy genetika, genomika, mikrobiom a vlastní analýzou mikrobiomu. Tato část obsahujme po obsahové i formální stránce značné množství chyb. Přestože autor používá 52 citací, mnohé statě zůstávají necitované, třeba i takové, které začínají větou: „Pomocou röntgenovej kryštalografie bolo zistené“. V práci chybí odkazy na obrázky Obr. 2.3., Obr. 2.8, Obr. 2.1, Obr. 2.2 je v textu zmíněn před odkazem na Obr. 2.1, latinské názvy nejsou psané kurzívou apod. Po obsahové stránce musím podotknout, že genomická doba jíž začala s projektem HUGO, tedy v 90. letech 20. století; ne každý živý organizmus má svůj mikrobiom (např bakterie ho mít nemusí); analyzovat mikrobiom můžeme i na základě biochemických reakcí; při shotgun sekvenování není nutné fragmenty roztřídit pomocí elektroforézy (separace je částí Sangerova sekvenování); bakterie Bacteroides dorei uvedená v Tab. 2.3 je jíž od roku 2021 přejmenovaná na Phocaeicola dorei. V praktické části se pak si pak student stáhl dostupná surová data sekvenování z volně dostupné databáze, věnuje se kontrole kvality čtení, odstranění nekvalitních čtení a vlastní analýze struktury mikrobiomu pomocí balíčku QIIME2. Dle mého názoru student věnuje velkou část psaného textu předzpracováním dat než vlastní analýze. Oceňuji, že student přiložil i kódy v příloze, nicméně některé komentáře a parametry by bylo vhodné uvést i v textu práce, např. jaká míra shody sekvence byla nastavena pro jednotlivé ASV (varianty sekvencí amplikonů). Mnohem závažnější pochybení ale nalézám, vlastně nenalézám při tvorbě konsenzuální sekvence amplikonu získané z obou čtení (forward a reverse) pomocí nástroje VSEARCH, toto je nutná prerekvizita před vlastním zpracováním dat pomocí metody DEBLUR. Můj odhad je takový, že pokud by tento krok byl použit na očištěná čtení, která student připravil pomocí nástroje FASTP, jen zlomek dat by se dal použít na tvorbě konsenzu, většina F a R čtení by byla natolik krátká, že by se nemohla propojit. Velmi nestandardně je pojata i statistika určení alfa diverzity pomocí PCA (Obr. 4.10), většinou se používá Shannonův či Simpsonův index, případně rarefakční křivka. Výsledky bakteriální druhové rozmanitosti jsou zařazeny do kapitoly „Výsledky analýzy diverzity“, přičemž nejsou vůbec komentovány v sekci výsledků. Z tohoto důvodu je práce velmi slabá a zasloužila by přepracování, nicméně navrhuji známku D, 60 bodů.
eVSKP id 150825