ŠČUDLOVÁ, J. Studie strukturních a mechanických vlastnosti dendrimerů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2008.

Posudek vedoucího

Žídek, Jan

Práce pojednávala o výpočtu vlastnosti dendrimerů a kolagenových vláken. Z hlediska praktické činnosti byl proveden poměrně velký rozsah práce. Studentka pracovala soustavně a samostatně a docházela na konzultace pravidelně. Je nutné zdůraznit, že studentka začínala od nuly a neměla možnost navázat na žádnou předchozí práci. V první části týkající se solvatace dendrimerů je tématika dále ještě otevřena pro další zkoumání. Nebylo v možnostech této bakalářské práce tuto problematiku uzavřít. Druhá část práce: deformace kolagenových vláken byla dokonce dovedena do fáze, kdy výstupy z modelu jsou v korelaci s experimentálními daty. Takto rozpracovaná tématika umožňuje publikovat výsledky v odborné literaruře.

Posudek oponenta

Legut,, Dominik

Autorka se v práci snaží namodelovat dedrimery a kolagenová vlákna pomocí metody molekulové dynamiky s využitím Newtonových pohybových rovnic a empirických potenciálů pro popis interakce mezi jednotlivými atomy látek. Obecně musím konstatovat, že výsledková část (kap. 4) oproti teoretické části (kap. 1-3) je velmi stručná, košatá a nepřesně formulovaná. V celé práci není jediný odkaz na protokoly, které jsou na konci práce. V kapitole Diskuse nejsou diskutovány závěry protokolů. Během čtení práce není jasné, zda fakt, že v závěru protokolu č.6, byla objevena chyba v programu ovlivňuje výsledky ostatních protokolů, zejména 1-5, či nikoliv. Faktické nedostatky: a) Proč nejsou modelovány dendrimery pro generace 3-5? Pouze 1 a 2 generace z čehož se moc závěrů dělat nedá. b) Proč se neoptimalizuje struktura dendrimerů přímo v rozpouštědle? c)Proč se porovnávají délky kolagenových vláken s rozdílným počtem segmentů, ale jednou bez H a jednou s H? d)Proč se prodloužení v tabulce 6 a 8 tak liší? e) Na str. 28 energie v tab. 2 neodpovídá dále co je uvedeno v textu. Formální nedostatky: a) Přestože autorka několikrát v práci tvrdí, že kód GROMACS je komerční software, není tomu tak. Je zadarmo, vydaný pod veřejnou licencí, GPL. Dá se tedy libovolně nejen používat, ale i modifikovat. b) Obrázky mají neurčité popisy a často v protikladu co je napsáno v textu, např. obr. 16 a jeho komentář na str. 32. Rovněž hodnoty v tabulkách jsou nepřesné neboť autorka používá nevhodně tzv. scient. formát čísel. Tím čtenáři stěžuje čtení hodnot. Nemyslím si, že do práce patří obrázky jak vypadají menu programu, obr. 10 a 11. c)Seznam obrázku dát na počátek práce d)Proč je někdy potenciální energie kladná a někdy brána jako záporná veličina v tab. 2 a 5. e) Prodloužení bylo nejdříve o 1mm a pak se začalo měřit, tab. 6 a 8? Vzhledem k výše uvedeným nesrovnalostem, si nejsem jist zda se dají dělat jednoznačné závěry. Přesto jsem názoru, že téma práce je to velmi dobré a stojí za to aby na něm autorka pracovala dále.

eVSKP id 2739