KOTRYS, K. Hledání guaninových kvadruplexů v DNA pomocí rozhodovacích stromů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta strojního inženýrství. 2022.
Bakalářská práce se zabývá návrhem predikčního algoritmu pro detekci guaninových kvadruplexů ve strukturách DNA. Student splnil všechny cíle práce v plném rozsahu. Postupoval samostatně a aktivně. Po formální stránce lze práci vytknout pouze některé mluvnické obraty a drobné chyby, způsobené zřejmě překlepy. Předložená bakalářská práce studenta Kryštofa Kotryse je plně vyčerpávající vzhledem k uvedenému zadání. Práci doporučuji k obhajobě bez výhrad s celkovým hodnocením: A.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků a cílů zadání | A | ||
| Postup a rozsah řešení, adekvátnost použitých metod | A | ||
| Vlastní přínos a originalita | A | ||
| Schopnost interpretovat dosažené výsledky a vyvozovat z nich závěry | A | ||
| Využitelnost výsledků v praxi nebo teorii | A | ||
| Logické uspořádání práce a formální náležitosti | A | ||
| Grafická, stylistická úprava a pravopis | B | ||
| Práce s literaturou včetně citací | A | ||
| Samostatnost studenta při zpracování tématu | A |
Předložená práce je zaměřena na tvorbu modelu rozhodovacího stromu pro vyhledávání lokálních struktur v podobě G-kvadruplexů v sekvencích DNA. Implementace navrženého řešení je formou třídy v jazyce Python. Na základě rešerše metod pro vyhledávání G-kvadruplexů v sekvencích DNA (zejména nástroje G4Hunter, s nímž byly výsledky práce porovnávány), byl navržen a implementován rozhodovací strom pomocí algoritmu XGBoost, který vykazuje poměrně dobré výsledky. Formální stránka sice vykazuje určité menší nedostatky (např. některé formulace nebo překlepy), podstatně však nesnižuje celkovou na bakalářskou práci poměrně vysokou úroveň práce. Práce je přínosem pro výzkum v oblasti analýzy lokálních struktur v sekvencích DNA, který je řešen ve spolupráci s AV ČR. Bakalářskou práci Kryštofa Kortyse doporučuji k obhajobě.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků a cílů zadání | A | ||
| Postup a rozsah řešení, adekvátnost použitých metod | A | ||
| Vlastní přínos a originalita | A | ||
| Schopnost interpretovat dosaž. výsledky a vyvozovat z nich závěry | A | ||
| Využitelnost výsledků v praxi nebo teorii | A | ||
| Logické uspořádání práce a formální náležitosti | B | ||
| Grafická, stylistická úprava a pravopis | B | ||
| Práce s literaturou včetně citací | A |
eVSKP id 139655