% Soubory musí být v kódování, které je nastaveno v příkazu \usepackage[...]{inputenc}

\documentclass[%
%  draft,    				  % Testovací překlad
  12pt,       				% Velikost základního písma je 12 bodů
  %a4paper,    				% Formát papíru je A4
	t,                  % obsah slajdů nebude centrovaný, nýbrž budou začínat od hora
	aspectratio=1610,   % poměr stran bude 16:10 (všechny projektory v učebnách na Technické 12),
	                    % další volby jsou 43, 149, 169, 54, 32.
%% Z následujicich voleb lze použít maximálně jednu:
%	dvipdfm  						% výstup bude zpracován programem 'dvipdfm' do PDF
%	dvips	  						% výstup bude zpracován programem 'dvips' do PS
%	pdftex							% překlad bude proveden programem 'pdftex' do PDF (výchozí)
	unicode,						% Záložky a informace budou v kódování unicode
]{beamer}				    	% Dokument třídy 'zpráva'
%\usepackage{etex}

\usepackage[utf8]		%	Kódování zdrojových souborů je v UTF-8
	{inputenc}					% Balíček pro nastavení kódování zdrojových souborů
\usepackage{graphicx} % Balíček 'graphicx' pro vkládání obrázků
											% Nutné pro vložení log školy a fakulty

\usepackage[
	nohyperlinks				% Nebudou tvořeny hypertextové odkazy do seznamu zkratek
]{acronym}						% Balíček 'acronym' pro sazby zkratek a symbolů
											% Nutné pro použití prostředí 'seznamzkratek' balíčku 'thesis'

%% Balíček hyperref je volán třídou beamer automaticky
%\usepackage[
%	breaklinks=true,		% Hypertextové odkazy mohou obsahovat zalomení řádku
%	hypertexnames=false % Názvy hypertextových odkazů budou tvořeny
%											% nezávisle na názvech TeXu
%]{hyperref}						% Balíček 'hyperref' pro sazbu hypertextových odkazů
%											% Nutné pro použití příkazu 'nastavenipdf' balíčku 'thesis'

%\usepackage{pdfpages} % Balíček umožňující vkládat stránky z PDF souborů
                      %% Nutné při vkládání titulních listů a zadání přímo
                      %% ve formátu PDF z informačního systému

\usepackage{cmap} 		% Balíček cmap zajišťuje, že PDF vytvořené `pdflatexem' je
											% plně "prohledávatelné" a "kopírovatelné"

\usepackage{upgreek}	% Balíček pro sazbu stojatých řeckých písmem
											% např. stojaté pí: \uppi
											% např. stojaté mí: \upmu (použitelné třeba v mikrometrech)
											% pozor, grafická nekompatibilita s fonty typu Computer Modern!

%\usepackage{amsmath}

\usepackage{booktabs} % Balíček, který umožňuje v tabulce používat
                      % příkazy \toprule, \midrule, \bottomrule


%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%%%%%%      Definice informací o dokumentu             %%%%%%%%%%
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%


\input{variable}      % v tomto souboru doplňte údaje o sobě, o názvu práce...

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%%%%%%     Nastavení polí ve Vlastnostech dokumentu PDF      %%%%%%%%%%%
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
%% Při vloženém balíčku 'hyperref' lze použít příkaz '\nastavenipdf'
\nastavenipdf
%  Nastavení polí je možné provést také ručně příkazem:
%\hypersetup{
%  pdftitle={Název studentské práce},    	% Pole 'Document Title'
%  pdfauthor={Autor studenstké práce},   	% Pole 'Author'
%  pdfsubject={Typ práce}, 						  	% Pole 'Subject'
%  pdfkeywords={Klíčová slova}           	% Pole 'Keywords'
%}
\hypersetup{pdfpagemode=FullScreen}       % otevření rovnou v režimu celé obrazovky
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

\usetheme{VUT} 				% barvy a rozložení prezentace odpovídající VUT FEKT
% alternativne lze pouzit jina berevna temata, napr. 
%\usetheme{Darmstadt} \usecolortheme{default2}
% ale bez zaruky
\logohlavicka					% vytvoření zkráceného loga VUT FEKT (FEEC) v hlavičce slajdu, nechte odkomentované


\begin{document}

% v pripade zakomentovani se zobrazi v pravem dolnim rohu slajdu klikatelne navigacni symboly 
\vypninavigacnisymboly

% snimek s titulni strankou vysazen bez hornich, dolnich a postranich list (volba plain),
% neni tak vysazen ani nadpis snimku
\vytvortitulku

% Přeji hodně štěstí u obhajoby - cca 7 slajdů, prezentace styl VUT, 
% - nastínit problém, 
% - oznámit že jste položil základy, 
% - nastínit pokračování do diplomky. Ideálně pěkné obrázky.

% CIL PRACE
% Nastudujte současné metody segmentace obrazu, které používají tzv. hluboké učení. V rámci semestrální práce
% proveďte rešerši těchto metod a jejich vlastností se zaměřením na použití pro segmentaci dat do vice tříd. Dále ze
% zkoumaných postupů vyberte vhodnou metodu a aplikujte ji po dohodě s vedoucím na vybraný typ problému.
% Výběr zdůvodněte a metodu otestujte pro použití na daný problém. Výsledky testování vhodně prezentujte.

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% 1.snimek s cili (zadanim) prace
\begin{frame} 
	% nadpis snímku
	\frametitle{Cíle práce}
	\begin{itemize}

			\item Hluboké učení a Neuronové sítě
				\begin{itemize}
					\item Využití \& Současnost
					\item Metody segmentace obrazu do více tříd
				\end{itemize}
			\item Návrh \& Implementace
				\begin{itemize}
					\item MRBrainS18 - MRI a 3D data
					\item U-net				
					\item Multi-class

				\end{itemize}
			\item Výsledky
				\begin{itemize}
						\item Segmentace do více tříd
						\item Přesnost
						\item Možné pokračování
				\end{itemize}
	\end{itemize}
\end{frame}






%%%%%%%%%%%%%
\begin{frame} 
	\frametitle{Neuronové sítě - využití}
 
 	\begin{itemize}
	 	\item Doprava 
	 	\begin{itemize}
	 		\item Autonomní řízení
	 		\item Signalizace		
	 	\end{itemize}
	 	
	 	
	 	\item Lékařství - diagnostika
	 	\item Rozpoznávání textů, písma a podpisů
	 	\item Systémy pro převod mluvené řeči do písemné podoby
	 	\item a další...  
 \end{itemize}
\end{frame} 




%%%%%%%%%%%%%
\begin{frame} 
	\frametitle{MRI a 3D data}
 
	 
	\begin{itemize}
		\item Dataset MRBrainS18
		\item Magnetická rezonance - 7x48x240x240 (axiální rovina)
			 \begin{itemize}
				\item  T1(vážený)	, T1(vážený)-IR (inversion recovery)
			\end{itemize}
	\end{itemize}
	
	\begin{figure}[]
		\centering
		\includegraphics[width=0.5\linewidth]{obrazky/mozek_3d}
	\end{figure}
\end{frame} 


%%%%%%%%%%%%%
\begin{frame} 
	\frametitle{MRI a 3D data}
	\begin{table}[h!]
		\begin{tabular}{|l|l|}
			
			\hline 
			\multicolumn{1}{|c|}{\textbf{\texttt{Štítek}}} & \multicolumn{1}{c|}{\textbf{\texttt{Popis}}} \\ %\rowcolor[gray]{.95}
			\hline 
			0& pozadí \\ 
			%\hline 
			1& kortikální šedá hmota \\
			%\hline 
			2& bazální ganglia \\ 
			%\hline 
			3& bílá hmota \\
			%\hline 
			4& léze bílé hmoty \\ 
			%\hline 
			5& mozkomíšní mok (cerebrospinální tekutina CSF) \\
			%\hline 
			6&  mozkové komory\\ 
			%\hline 
			7&  mozeček\\
			%\hline 
			8&  mozkový kmen\\ 
			%\hline 
			9&  infarkt\\\hline 
		\end{tabular}
		\centering
		\caption{Tabulka segmentovaných tříd }
	 
	\end{table}
\end{frame} 



%%%%%%%%%%%%%
\begin{frame} 
\frametitle{U-net \& vícetřídá segmentace}


\begin{itemize}
	\item Zpracování dat
		\begin{itemize}
			\item Spojeni masky a třídy (to\_categorical)
		\end{itemize}
	\item Návrh modelu - U-net
	 	\begin{itemize}
			\item Vstup x výstup, vrstvy
			\item Multi-class výstup
			\item Categorical crossentropy	
			\item Softmax		
		\end{itemize}
	\item Aplikace tříd na predikci
\end{itemize}
 
\end{frame}



%%%%%%%%%%%%%
\begin{frame} 
\frametitle{Výsledná segmentace}


	\begin{itemize}
		\item Každá třída je reprezentována jinou intenzitou šedi
	\end{itemize}

	\begin{figure}[h!]
		\centering
		\includegraphics[width=0.5\linewidth]{obrazky/3d_segmentace_mozku_moje}
		\caption{V sagitální rovině zřejmé různé třídy jako mozkové komory, mozkový kmen nebo CSF }
		\label{fig:3d_segmentace_mozku_moje}
	\end{figure}

\end{frame} 






\begin{frame} 
\frametitle{Přesnost}

\begin{table}[h!]
	


		\begin{alertblock}{ Dice koeficient}
		$$DSC = \frac{2 \cdot |x \cap y|}{|x| +|y|} $$
	\end{alertblock}

	\begin{tabular}{|l|l|l|l|}
		
		\hline 
		\multicolumn{1}{|c|}{\textbf{\texttt{tým/práce}}} &
		\multicolumn{1}{|c|}{\textbf{\texttt{CSF}}} & \multicolumn{1}{c|}{\textbf{\texttt{V}}}& \multicolumn{1}{c|}{\textbf{\texttt{C}}} \\ %\rowcolor[gray]{.95}
		\hline 

		MISPL & 0,837 & 0,931 & 0,939 \\ 
		Jazz1 & 0,779 & 0,686 & 0,876 \\ 
		SP & 0,708 & \textbf{0,740} & 0,806 \\ 
		\hline 
	\end{tabular}
	\centering
 
	\end{table}

	\begin{itemize}
	\item Výsledek prvních segmentací
\end{itemize}

\end{frame} 



 


%%%%%%%%%%%%%
\begin{frame} 
	\frametitle{Závěr}

	\begin{itemize}
	\item Dosažené cíle
		\begin{itemize}
			\item Seznámení se segmentací pomocí nerunových síťí
			\item Vícetřídé zpracování   dat magnetické rezonance
			\item Návrh a implementace modelu pro vícetřídou segmentaci 3D lékařských dat
			\item Segmentace do 8 tříd
			\item Relativně srovnatelná přesnost během prvních segmentací s týmy v soutěži
		\end{itemize}
	
	
	\item Rozšíření
		\begin{itemize}
			\item Využití více režimů MRI
			\item Více tříd pro klasifikaci
			\item Rozšířená varianta U-netu
			\item Překonání vítěze soutěže
		\end{itemize}
	
	
\end{itemize}
 




\end{frame}


% podekovani
\begin{frame}[c] 
% bez nadpisu snimku
	\frametitle{\mbox{ }}
	\begin{center}
		{\Huge Děkuji za pozornost!}
	\end{center}
\end{frame}

% otázky oponenta
%\frame{
%\frametitle{Otázky oponenta}
%	\emph{Jaká je souvislost Vašeho vzorce (1.2) s~Maxwellovými rovnicemi v~integrálním tvaru?}\\[2ex]
%	%
%	Již staří Římané\,\dots
%}

\end{document}
