BALAŽOVIČOVÁ, N. Testování mikrometody izolace DNA z listů, plodů a výrobků z ovoce [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2019.
Bylo dosaženo pokroku v identifikaci DNA rostlinného původu v obtížném vysoce technologicky zpracovaném materiálu jako jsou ovocné džemy a marmelády.Studentka pracovala samostatně a zvládla řadu molekulárně biologických metod jako je izolace DNA rostlinného původu různými metodami, kvantifikace DNA pomocí sprektoskopie, gelová elektroforéza DNA, PCR a detekci fluorescečních signálů pomocí CCD kamery. Finální část experimentů studentka prováděla v laboratoři Biofyzikálního ústavu AVČR, kde se seznámila s novými metodami, navrhla nové primery pro amplifikaci rDNA a naučila se pracovat na moderním termocykleru Biometra Tone. Abstrakt DP studentka sepsala samostatně pěknou angličtinou, což svědčí o jejích dobrých jazykových znalostech a schopnosti exrahovat z výsledků důležité závěry.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků zadání | A | ||
| Studium literatury a její zpracování | B | ||
| Využití poznatků z literatury | B | ||
| Kvalita zpracování výsledků | A | ||
| Interpretace výsledků, jejich diskuse | A | ||
| Závěry práce a jejich formulace | B | ||
| Využívání konzultací při řešení práce | A | ||
| Celkový přístup k řešení úkolů | A |
Vypracovaná diplomová práce je zaměřena na identifikaci 6 druhů potravinářsky významného ovoce. Kladem diplomové práce je skutečnost, že u všech vzorků byla DNA izolována z listů, plodů a tepelně zpracovaného výrobku (džemu). DNA byla izolována pomocí dvou metod – klasické fenolové extrakce s CTAB a pomocí magnetických částic. DNA izolovaná oběma postupy byla amplifikována s použitím polymerázové reakce (PCR). Byly použity 3 sady primerů pro rostlinnou ribosomální DNA – 18S_for a 5,8S_rev (produkt PCR - 700bp), 26S_for a 26S_rev (produkt PCR - 220 bp), 18S_for a 18S_rev (produkt PCR - 263 bp). Podmínky PCR byly optimalizovany a byl sledován vztah mezi amplifikovatelností izolované DNA a velikostí amplikonu. Produkty PCR byly detegované pomocí agarosové gelové elektroforézy. Při použití magnetických mikročástic byla z většiny vzorků listů izolována DNA v kvalitě vhodné pro PCR. U většiny vzorků džemů byla amplifikována DNA s použitím primerů poskytujíci krátké produkty (vliv tepelného ošetření). Byla rovněž porovnána sekvence 18S rRNA genu Nicotiana tabacum, podle které byly navrženy primery 18S_for a 18S_rev, se sekvencí Rubus ideaus (maliník obecný) z databáze GenBank. Sekvence obou druhů byly podobné a lišily se v několika bodových mutacích. Tato divergence neovlivnila nasednutí primeru na sekvencii 18S rDNA maliny v PCR. Práce je logicky členěna a výsledky diskutovány. Z formálního hlediska nemám k ráci připomínky. Diplomovou práci doporučuji k obhajobě. Otázky k obhajobě a připomínky k práci: Popište DNA/DNA hybridizaci a uveďte čím ji lze ovlivnit.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků zadání | A | ||
| Logické členění práce | A | ||
| Kvalita zpracování výsledků | A | ||
| Interpretace výsledků, jejich diskuse | B | ||
| Využití literatury a její citace | B | ||
| Úroveň jazykového zpracování | A | ||
| Formální úroveň práce – celkový dojem | A | ||
| Závěry práce a jejich formulace | A |
eVSKP id 115216