NEDVĚD, J. Fraktál v sekvenci DNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2010.

Posudek vedoucího

Valla, Martin

Cílem zadání byla aplikace fraktálové teorie na sekvenční data genomu. Výstupem je program pro analýzu DNA. Student prokázal schopnost zpracovat a správně použít potřebné množství informací. Na konzultace byl student vždy připraven a navržené změny řešil v určeném časovém horizontu. Vytýčené cíle práce považuji za splněné. Práce je vytvořena na dobré úrovni, bez větších chyb a formálních nedostatků. Práce a její výsledky bylo možné prezentovat na studentské soutěži EEICT2010. Výsledek hodnotím známkou A a práci doporučuji k obhajobě.

Posudek oponenta

Čech, Petr

Cílem práce pana Nedvěda byla teoretická studie fraktální analýzy a následná implementace vhodné metody v prostředí Matlab. V úvodní části práce jsou vymezeny základní pojmy, důraz je kladem na definici fraktální dimenze a sSierpinského trojúhelník. Samotná práce pak spočívá n návrhu algoritmu, který pomocí rozšířeného Sierpinského trojúhelníku provádí visualizaci DNA sekvencí. Další částí programu je implementace algoritmu BCM pro výpočetfraktalní dimenze DNA sekvencí. Autor zde použil masku se sudým počtem elementů, což vede k chybě v případě, že je počet detekovaných elementů rovný rozhodovacímu kritériu (tedy 0.5). Zde by bylo vhodné použít masku s lichým počtem elementů. Následně byla implementována metoda analýzy pomocí výkonového spektra (PSM). Autor se v závěru věnuje porovnáním výše zmíněných metod a konstatuje, že "odlišné výsledky jsou pravděpodobně způsobeny odlišným výpočtem". Není zde ale uvedeno, která z metod podává objektivní výsledky. Po formální stránce je práce dobře zpracovaná, přehledná a srozumitelná. Odborná úroveň práce je na odpovídající úrovni. Práce jako celek odráží kvalitní schopnosti autora řešit zadaný problém, což dokládá i seznam literatury.

eVSKP id 30988