ZEMÁNEK, V. Zpracování a analýza lidského střevního mikrobiomu z nanopórových sekvenačních dat 16S rRNA [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2025.
Student Vojtěch Zemánek vypracoval bakalářskou práci zabývající se zpracováním dat střevního mikrobiomu a vytvořením nástroje pro zobrazení jeho vývoje v čase a propojení s dalšími údaji o pacientovi. Práce má od úvodu po závěr 44 stran a využívá 46 zdrojů, které jsou jednotně citovány. Teoretická část obsahuje odpovídající rešerši, která poskytuje dostatečný vhled do dané problematiky. V praktické části student nejprve zpracoval sekvenační data podle navrženého postupu a porovnal dva nástroje pro určení abundance. Hlavní část práce se poté zaměřuje na návrh a realizaci nástroje s grafickým uživatelským rozhraním, který umožňuje vizualizaci vývoje mikrobiomu v čase a propojení těchto dat s dalšími parametry pacienta. Nástroj byl konzultován se zaměstnanci FN Brno a student jejich požadavky vždy zapracoval. V nástroji bych ocenila možnost exportu celého reportu, například do PDF, což zatím chybí – student však tuto funkci zmiňuje jako jednu z možností budoucího rozšíření. Po formální stránce je práce na dobré úrovni. Místy se vyskytují delší věty, které by bylo vhodné pro lepší čitelnost rozdělit. Některé obrázky by mohly být větší nebo v lepší kvalitě. Na konzultace chodil student pravidelně, byl připravený a přicházel s věcnými dotazy. Přes drobné výtky hodnotím práci jako výbornou, A / 95 bodů, a doporučuji ji k obhajobě.
Předložená bakalářská práce se zabývá analýzou střevního mikrobiomu. Literární rešerše shrnuje základní poznatky o střevním mikrobiomu a metodách jeho analýzy, přičemž se zaměřuje především na sekvenování genu 16S rRNA. Text je logicky strukturován do navazujících kapitol, nicméně se v něm objevují některé nedostatečně vysvětlené pojmy (např. datový formát POD5) a místy i zavádějící formulace (např. požadavek na jednovláknovou kruhovou DNA u PacBio). V praktické části se student nejprve věnoval zpracování sekvenačních dat poskytnutých FN Brno za účelem stanovení -diverzity pomocí nástrojů Emu a EPI2ME. Ve druhé části práce navrhl a implementoval vlastní nástroj, který kromě analýzy mikrobiomu umožňuje propojení s dalšími pacientskými daty. Výsledná aplikace je intuitivní a plně funkční, nicméně postrádá některé základní prvky, které by usnadnily její použití – zejména možnost výběru pracovního adresáře v rámci grafického rozhraní (nyní je nástroj závislý na výchozí cestě spuštění), dále pak chybí dokumentace ve formě README a soubor requirements.txt pro specifikaci potřebných knihoven. Po formální stránce mám zejména výhradu k umístění obrázků a tabulek v rámci textu, které podstatně snižují orientaci v práci. Např. věta ze strany 36 kvůli obrázkům pokračuje až na stránce 38, tabulka 5.2 je zmíněna na straně 36, ale samotná tabulka se nachází až na straně 40. U obrázků na stranách 45, 46 a 52 by byla vhodnější orientace strany na šířku. Navzdory těmto výhradám práce splňuje všechny požadavky kladené na bakalářskou práce a naplňuje všechny body zadání. Práci doporučuji k obhajobě a hodnotím ji stupněm velmi dobře (B, 88 bodů).
eVSKP id 167494