MACHÁČKOVÁ, M. Studium mikrobiálního růstu a produkce PHA u vybraných kmenů bakterie Caldimonas thermodepolymerans [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2025.
Studentka Bc. Mirka Macháčková vypracovala diplomovou práci na téma Studium mikrobiálního růstu a produkce PHA u vybraných kmenů bakterie Caldimonas thermodepolymerans. Diplomová práce se zaměřuje na zajímavý a nemodelový organismus, u kterého autorka sledovala růstové charakteristiky a schopnost produkovat polyhydroxyalkanoáty (PHA), a to se zvláštním důrazem na porovnání mutačních kmenů. V rámci experimentální části provedla studentka dlouhodobé kultivace a zaměřila se na hodnocení růstu a produkce PHA. Postupně se naučila pracovat s vybranými technikami a metody si v průběhu práce osvojovala. Laboratorní část práce byla nicméně místy poněkud nepřehledná a bez jasnější struktury, což se odrazilo na efektivitě získávání výsledků. Přesto je třeba ocenit, že studentka práci dokončila a získala relevantní data pro základní porovnání testovaných kmenů. Psaní textové části práce se studentce dařilo se střídavými výsledky – práce obsahuje formální i věcné nepřesnosti, nesjednocené názvosloví a místy ne zcela jednoznačně formulované části. Výsledky jsou prezentovány, avšak chybí jejich hlubší diskuse a širší propojení s literaturou, což snižuje vypovídací hodnotu závěrů. Studentka přistupovala k řešení práce zodpovědně a prokázala snahu zorientovat se v odborné problematice i v laboratorním prostředí. Téma bylo zpracováno v rozsahu odpovídajícím požadavkům magisterské práce a dosažené výsledky mohou být využity jako základ pro další experimentální práci. Celkově práci hodnotím kladně, práci doporučuji k obhajobě a hodnotím stupněm B – velmi dobře.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků zadání | A | ||
| Studium literatury a její zpracování | B | ||
| Využití poznatků z literatury | A | ||
| Kvalita zpracování výsledků | B | ||
| Interpretace výsledků, jejich diskuse | B | ||
| Závěry práce a jejich formulace | B | ||
| Využívání konzultací při řešení práce | B | ||
| Celkový přístup k řešení úkolů | A |
Studentka Bc. Mirka Macháčková se ve své diplomové práci zabývala růstem a produkcí PHA u divokého a mutantního kmene bakterie Caldimonas thermodepolymerans. Teoretická část je přiměřeně obsáhlá a v zásadě obsahově dobře zpracovaná. Studentka představila využití polyhydroxyalkanoátů v praxi včetně komerčního využití. V textu se občas vyskytují interpunkční chyby jako chybějící tečka, nadbytečné čárky, dvojité mezery, gramatická neshoda či nedokončená věta, zmíněné nedostatky však zásadním způsobem neznemožňují pochopení textu. V podnadpisech kapitoly 2.3.4 chybí kurzíva u latinských názvů představovaných termofilních mikroorganismů a více pozornosti by si zde zasloužila bakterie C. thermodepolymerans, o které již bylo napsáno mnoho a hraje hlavní roli v předložené práci. Při psaní vědecké práce bych také doporučovala vyhnout se slovním spojením jako „poměrně dlouhou dobu“, „poměrně rychle“ apod. V praktické části práce byly představeny kmeny, se kterými studentka pracovala. Jednalo se o WT kmene C. thermodepolymerans a 2 mutanty z něj odvozené. Prvním mutantním kmenem byl mutant C. thermodepolymerans AI01 (RES), kterému byly odstraněny 3 geny pro restrikční endonukleázy, druhým pak mutantní kmen Caldimonas thermodepolymerans PhaZ, kterému byl odvozem z AI01 mutanta a byl mu navíc odstraněn gen pro intracelulární PHA depolymerázu. Prvnímu zmíněnému mutantovi nebylo v práci věnováno mnoho prostoru. Metodika je srozumitelně a reprodukovatelně popsána. V kapitole 3.1.3 bylo dobré charakterizovat, nebo alespoň zmínit, odebrané geny tří endonukleáz (Otázka č.1), BE pufr chybí v seznamu chemikálií. Kapitola metodiky je obohacena demonstračními fotkami. Dominantou výsledkové části práce je růstová křivka WT kmene a mutanta PhaZ a všechny analýzy s ní spojené. Byla sledována viabilita buněk, měřena optická hustota, gravimetricky stanovena biomasa, obsah PHA pomocí GC-GID a získaný polymer pomocí SEC-MALS. Pro zobrazení růstové křivky bych upřednostnila graf bodový (Obr. 13), kde by se daly jednotlivé křivky proložit i do jednoho grafu a čtení výsledku by bylo přehlednější. Výsledky obsahu biomasy korelují s výsledky z průtokového cytometru, s naměřenou optickou hustotou i s obsahem sacharidů. V případě WT kmene došlo k situaci, kdy po poklesu obsahu buněčné biomasy ve 144. hodině došlo k opětovnému nárůstu biomasy v hodině 168, s tímto souvisí otázka č.2, jelikož to není v práci diskutováno. Zároveň v případě mutanta s odstraněnou PHA depolymerázou docházelo od 144. kultivační hodiny k úbytku PHA, s čímž souvisí otázka č. 3. Obecně by si kapitola výsledky a diskuze zasloužila větší diskuzi. V závěru práce jsou shrnuty jednotlivé výsledky práce, některé závěry však jsou nepřesné. Všechny cíle práce byly naplněny. Práce je logicky členěna, zdroje jsou správně citovány, studentka čerpala z aktuálních zdrojů. Během praktické části práce si studentka osvojila mnoho laboratorních metod. I přes zmíněné nedostatky práci doporučuji k obhajobě a hodnotím známkou B.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků zadání | A | ||
| Logické členění práce | B | ||
| Kvalita zpracování výsledků | B | ||
| Interpretace výsledků, jejich diskuse | C | ||
| Využití literatury a její citace | A | ||
| Úroveň jazykového zpracování | C | ||
| Formální úroveň práce – celkový dojem | B | ||
| Závěry práce a jejich formulace | B |
eVSKP id 162169