SPÍCHALOVÁ, B. Pokročilé metody detekce kontury srdečních buněk [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2015.
Cílem diplomové práce bylo seznámit se nejdříve s principem snímání vzorků izolovaných srdečních buněk pomocí optických mikroskopických technik. Dalším cílem bylo navrhnout metodu segmentace buněk v dostupných video sekvencích. Studentka se převážnou část řešení práce zabývala studiem metod segmentace obrazů a zaměřila se především na metody využívající modely aktivních kontur a metody morfologických operací. Studentka v práci popisuje teoretické poznatky o obecných metodách segmentace obrazu. Postrádám však rešerši literatury z oblasti metod použitých přímo na segmentaci obrazů izolovaných buněk. Metody aktivních kontur a metodu využívající matematickou morfologii studentka dále implementovala v programovém prostředí MATLAB a otestovala na dostupných datech. Obě metody umožňují segmentaci izolovaných srdečních buněk ve video sekvenci a odhad křivky kontrakce. Za nevýhodu implementovaných algoritmů však považuji nutnost ručního zadání oblasti zájmu v prvním snímku video sekvence. Metody tedy nefungují zcela automaticky. Studentka při řešení práce pracovala převážně samostatně. Byla však aktivní a na konzultace docházela s konstruktivními dotazy. I přes zmíněné výtky zadání práce považuji za splněné. Dosažené výsledky a celkový přístup studentky k řešení diplomové práce hodnotím stupněm C (75 b).
Studentka představila obsáhlou rešerši, která je základem její práce. Zatímco je v rešerši velmi dobře zpracována kapitola týkající se obrazové detetekce, teorie aktivních kontur a morfologických operací, je zanedbána část týkající se optické mikroskopie, popisu buněk a jejich obrazů ve světlém poli a charakterizaci obrazů. Studentka se v této části totiž nelogicky zabývá téměř výhradně konfokální mikroskopií, ač tato metoda nebyla pro zobrazování použita. Navíc v teoretickém popisu chybně zvýhodňuje konfokální mikroskopii nad optickou mikroskopií, což zdůvodňuje možností využití fluorescence. Fluorescence ale nebyla v žádném z případů využita a není ani vhodná, proto je konfokální mikroskopie vzhledem k velmi nízké snímkovací rychlosti a vysokému šumu ve výsledném obraze v případě snímání kontrakce kardiomyocytů nebo buněčných shluků EB naopak nedostatečná a nevýhodná. V souvislosti s tímto studentka chybně uvádí, např. na obrázku č. 2, že záznam kontrakce byl nasnímán metodou konfokální mikroskopie, tomu tak ve skutečnosti není. Zřejmě došlo k nepochopení nasnímaných dat, které měla v práci k dispozici. Za velký nedostatek považuji absenci celé kapitoly č. 2, která je sice v obsahu zahrnuta, v práci ale zcela chybí. Tato kapitola má obsahovat jednu z důležitějších částí rešerše. V praktické části je prezentován algoritmus realizující celkem dvě metody, které studentka následně porovnává. Při hodnocení kontrakce shluků srdečních buněk EB je dosaženo dobrých výsledků. U kardiomyocytů se použitý algoritmus ukazuje jako nepřesný. Nedetekuje pravou část buňky, což studentka popisuje, ale neoduvůdňuje. K této části se proto vztahuje jedna z přiložených otázek. Za hrubý nedostatek považuji absenci grafických výsledků hodnocení kontrakce u kardiomyocytů, což studentka zdůvodňuje tím, že záznam byl přiliš dlouhý. Není pochopitelné, proč nebyl použit alespoň výřez ze záznamu. Zadání je z velké části splněno, postrádám jen část, kde bylo úkolem představit a popsat programové vybavení. Studentka prezentuje pouze výstupy a statistiku. Po typografické a formální stránce považuji práci za zdařilou. Negativně hodnotím pouze nekvalitní ukázky mikroskopických snímků, které jsou nažloutlé a vybledlé. Výrazně ztratily kvalitu oproti původním snímkům.
eVSKP id 84448