HOŠTÁKOVÁ, N. Metody predikce sekundární struktury proteinů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2012.
Studentka splnila všechny body zadání a práci vypracovala velmi pečlivě a kvalitně. Teoretický úvod je napsán srozumitelně i dostatečně odborně. Studentka prakticky realizovala Chou-Fasmanovu metodu predikce sekundární struktury proteinů, která patří k jednodušším metodám. Za zmínku stojí perfektně zpracovaný vývojový diagram algoritmu. K otestování programu bylo vybráno několik proteinových sekvencí, u kterých je sekundární struktura známa. Výsledky predikce pomocí realizovaného algoritmu jsou přehledně srovnány s výsledky několika volně dostupnými predikčnímu nástroji. Z formální stránky nemám k práci žádné výhrady.
Studentka Nina Hošťáková se ve své práci zabývala problematikou prostorových struktur proteinů a možností jejich predikce. Podle zadání se zabývala studiem metod predikce sekundární struktury proteinů, návrhem/volbou metody, její realizací a ověřením na vybraných sekvencích aminokyselin. Na základě pokynů vedoucí práce realizovala Chou-Fasmanovu metodu a pro účely testování doplnila třemi dalšími metodami implementovanými ve volně dostupných softwarech. Práce rovněž obsahuje přehledný a dostatečný popis potřebných základů týkajících se prostorových struktur proteinů. K práci nemám žádné závažné výtky. Oceňuji přehledné členění práce a vhodné oddělení obecně známých faktů nebo publikovaných metod od vlastního řešení. Jedinou výjimkou je kapitola 4 "Praktická realizácia predikčného algoritmu", kde se volně prolíná popis navrženého řešení predikčního algoritmu, implementace v prostředí MATLAB, vlastní výsledky a popis způsobu hodnocení výsledků. Zatímco popis navrženého řešení predikčního algoritmu a popis způsobu hodnocení výsledků patří do pomyslné kapitoly METODY, popis implementace a výsledky patří do navazující kapitoly VÝSLEDKY. Nicméně i přes popsaný formální nedostatek je práce napsána více než srozumitelně. Lze konstatovat, že práce představuje solidní technické řešení včetně ověření a diskuse výhod a nevýhod metod a dosažených výsledků. Práce je zdařilá a výsledky jsou užitečné. Studentka splnila zadání a dosáhla vytčených cílů.
eVSKP id 51795