DZURČANINOVÁ, N. Stanovení profilu antibiotické rezistence u hybridně sestavených bakteriálních genomů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2023.
Bakalářská práce Natálie Dzurčaninové se zabývá vytvořením profilů antibiotické rezistence u hybridně sestavených genomů. Jedná se o dopracovanou verzi dříve neúspěšně obhájené práce. Práce obsahuje 60 stran od úvodu po závěr, teoretická část je obsáhlá a je v ní zahrnuta potřebná teorie. V praktické části práce studentka provedla hybridní sestavení genomů bakterie K. pneumoniae, identifikovala v sestavených datech plazmidy a následně použila 3 nástroje pro nalezení genů rezistence, jejichž výstupy poté srovnávala. Zde pozitivně hodnotím návrh vlastního algoritmu pro porovnání výstupů, jelikož každý nástroj generuje odlišné výstupy, které nelze přímo srovnávat. Studentka následně navrhla vyhodnocení výstupů pomocí korelačních matic a vykreslila profily rezistence spolu s fylogenetickou podobností jednotlivých kmenů. Diskuze výsledků je obsáhlá, jen mi zde chybí informace, zda stejné plazmidy nesly stejné geny rezistence či nikoliv. K formální stránce mám jen drobné výtky. V kapitole Sequencing nefungují odkazy na citace, u obrázků by mohl být podrobnější popis, některé obrázky by mohly být v lepší kvalitě. Oceňuji, že studentka psala práci v angličtině, nicméně místy jsou voleny ne příliš vhodné výrazy. Studentka práci během léta aktivně konzultovala, na konzultace chodila připravená s konkrétními dotazy. Zadání práce považuji za splněné, práci doporučuji k obhajobě a hodnotím stupněm B/86 bodů.
Předložená bakalářská práce studentky Natálie Dzurčaninové zabývající se srovnáním výskytu genů antibiotické rezistence u hybridně sestavených bakteriálních genomů je přepracovaná veze původně neobhájené práce. Shodně jako v původní práci kladně hodnotím teoretickou rešerši k práci i první část praktické realizace práce, zabývající se předzpracováním sekvenačních dat, hybridním sestavením genomů, reorganizací genomů i identifikací genomické a plasmidové DNA. Oproti předchozí verzi však spatřuji výrazný přínos v druhé části práce, tedy v samotném vyhodnocení vzájemné podobnosti profilů rezistence pro 14 vlastních hybridních sestavení genomů. Navržená metodika srovnání profilů výskytu rezistentních genů s výsledkem cgMLST fylogenetické analýzy má hodnotné praktické uplatnění. Zvolená interpretace výsledků formou heatmap je názorná. Vytýkám jen nedostatečné znázornění, které geny v profilech se vyskytují na chromosomu a které na plasmidu. Zároveň kromě srovnání celkových hodnot detekce genů mezi zvolenými nástroji, by bylo vhodné vyhodnotit míru podobnosti společných částí profilů rezistence nebo jejich dopad na klasifikaci profilů formou dendrogramu oproti cgMLST. Celkově však hodnotím práci po formální i odborné stráce jako velmi dobrou, stupněm B – 85 bodů.
eVSKP id 153825