KOSÍŘ, K. Metody rekonstrukce fylogenetických superstromů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2014.
Student Kamil Kosíř se ve své práci zaměřil na metody konstrukce superstromů umožňující zpřesnit a výrazně zrychlit konstrukci fylogenetických stromů z velkého počtu sekvencí. Vypracoval odpovídající teoretickou rešerši, popisující jak obecně problematiku fylogenetiky, tak současné metody konstrukce superstromů. Dva algoritmy pracující na principu kompletace částečných vzdálenostních matic programově realizoval, testoval a získané výsledky názorně diskutuje. V práci ovšem chybí větší míra vlastního přístupu, oba algoritmy by vyžadovaly výraznější optimalizaci pro konstrukci stromů z velkých souborů i s minimálním vzájemným překryvem. V teoretické části se vyskytují drobné nepřesnosti a zavádějící informace. Kromě zmíněných nedostatků hodnotím práci po formální i odborné stránce jako velmi dobrou.
Předložená diplomová splňuje všechny body zadání. Z formálního hlediska lze vytknout gramatické a stylistické chyby. Shodné názvy podkapitol v kapitolách 4 a 5 jsou poněkud zavádějící. V práci se vyskytuje množství zavádějících či nepřesných tvrzení, např. že morfologické znaky organismů jsou subjektivní. V popisu použitých dat autor uvádí, že použil sekvence mitochondriálního genu 16S rRNA, který kóduje bakteriální ribozom, toto má uvedeno i v závěru. Bakterie ale mitochondriální DNA neobsahují. Dále autor uvádí, že používá databáze, jde však o Fasta soubory. Konstrukci fylogenetických stromů předchází vícenásobné zarovnání sekvencí, postrádám uvedení skórovacích parametrů. Autor testoval dvě metody dopočítávání hodnot pro distanční matici superstromu a kvalitu superstromů s různým překryvem dat hodnotí dvěma parametry, všechny výsledky jsou uvedené v tabulkách a výsledky jednoho parametru jsou také vyneseny v grafu, logicky bych očekávala i graf pro druhý parametr. Závěr práce obsahuje pouze rekapitulaci obsahu jednotlivých kapitol, postrádám souhrn výsledků. Některé teoretické části jako např. kapitoly o evolučních modelech jsou zbytečně podrobné, při tomto zajímavém tématu bych očekávala více praktického rozpracování, především testovací soubory mohly obsahovat větší množství sekvencí. I přes uvedené nedostatky jde o vcelku kvalitní diplomovou práci.
eVSKP id 73055