BERGER, M. Studium metabolických vlastností a stresové robustnosti vybraných kmenů Caldimonas thermodepolymerans [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2025.

Posudek vedoucího

Obruča, Stanislav

Bc. Matyáš Berger přistupoval k řešení své diplomové práce aktivně a samostatně, všechny svěřené experimentální úkoly realizoval velice zodpovědně a precizně. Při experimentální práci prokázal schopnosti a dovednosti odpovídající a do jistý míry i přesahující danou úroveň studia. Za zmínku stojí také zodpovědný přístup studenta ke sdílení a konzultacím výsledků s vedoucím práce i konzultantkou. Při vypracování samotného textu diplomové práce prokázal student schopnost přesné a precizní formulace myšlenek a vypracoval velice solidní práci, která ze strany vedoucího práce vyžadovala jen relativně malé množství vstupů a korekcí. Výsledná diplomová práce je podle mě velice hodnotným výstupem, a to především díky svým velice zajímavým, originálním a hodnotným výsledkům, které představují velice zajímavý základ pro navazující práce. Výsledky diplomové práce budou jako součást většího celku presentovány na konferenci ISPB2025 a velice pravděpodobně budou také součástí publikace. Proto práci doporučuji k obhajobě a hodnotím známkou A.

Posudek oponenta

Ondrejovič, Miroslav

Splnenie požiadaviek zadania 1. Literární rešerše na téma termofilní bakterie, jejich základní metabolické charakteristiky a mechanismy stresové odpovědi => splnená 2. Charakterizace růstových a metabolických vlastností vybraných kmenů C. thermodepolymerans => z práce ani zadania nie je jasné, aké metabolické vlastnosti mali byť hodnotené. Bola táto požiadavka zadania chápaná ako viabilita buniek? 3. Posouzení stresové odolnosti vybraných kmenů C. thermodepolymerans vůči environmentálním a biologickým stresorům => z práce ani zadania nie je jasné, aké biologické stresory mali byť hodnotené. Bola absencia významných enzýmov v mutantoch východiského kmeňa baktérií chápaná ako biologický stresor? Logické členenie práce Logické členenie literárneho prehľadu je prirodzené a dobre odráža zámer práce. Jediná kapitola, ktorá narúša koncepciu literárneho prehľadu, je kapitola venovaná metódam analýzy mikroorganizmov produkujúcich PHA. Táto kapitola obsahuje okrem krátkeho zhodnotenia rôznych prístupov k hodnoteniu producentov PHA len jednu podkapitolu venovanú prietokovej cytometrii a aj tá je prebraná z odborných internetových stránok. Logické členenie experimentálnej časti, predovšetkým časti "Výsledky a diskusia", odráža experimenty realizované v laboratóriu, čo je určite prehľadné pre realizátora daných experimentátora, ale z môjho pohľadu by bolo vhodnejšie vetvením hlavných kapitol naznačiť odlišnosť experimentov venovaných k bežným teplotám potenciálne využiteľných pri kultivácii organizmu a extrémnym podmienkam smerujúcich k tvorbe akútneho environmentálneho šoku, prípadne vplyvu pôsobenia teplotných zmien bežných pri dlhodobom uchovávaní daných organizmov. Kapitola pojednávajúca o vplyve mierneho osmotického stresu v danej koncepcii pôsobí rušivo tak zameraním ako aj obsahom, i keď autor aj v tejto časti zaznamenal zaujímavé výsledky. V tomto kontexte by som sa rád spýtal: - Ako si autor vysvetľuje, že v prípade phaC mutantného kmeňa zaznamenal minimálny obsah PHA v bunke (Obrázok 25)? Kvalita spracovania výsledkov Namerané výsledky boli spracované základnou štatistikou, čo je v tomto prípade z môjho pohľadu prirodzené. Prekvapilo ma, že autor uvádza v Kapitole 3.5.1 Stanovenie optickej hustoty spektrofotometricky, ale výsledky spracované týmto postupom som v práci nenašiel. V obrázkoch sú sumarizované výsledky merané pomocou GC/FID, prietokovým cytometrom a gravimetrickým stanovením biomasy. Posledným prezentovaným výsledkom je stanovenie rastovej krivky, v ktorej bol nárast biomasy hodnotený len na základe absorbancie. Tu práve vidím priestor pre využite poznatkov nadobudnutých vo vyššie uvedenej kapitole. Preto by som sa chcel spýtať: - Ktoré výsledky boli namerané postupom uvedeným v Kapitole 3.5.1? - Bolo by možné podobný postup použiť na spracovanie primárnych údajov získaných pri stanovení rastových kriviek využitím bioreaktorov Biosan RS-1C? Interpretácia výsledkov, ich diskusia Interpretácia výsledkov je na výbornej úrovni. Oceňujem aj snahu autora o vytvorenie vlastných vysvetlení pozorovaných javov, avšak vlastné pozorovania je potrebné práve v tejto časti prepojiť so zisteniami iných autorov uvádzaných v dostupnej literatúre. Avšak v celej tejto časti diplomovej práce je uvedený len jediný odkaz na literatúru. Pre nezaujatého čitateľa sú v niekoľkých častiach práce nedostatočne vysvetlené uvádzané pojmy a navyše ich vysvetlenie je potrebné nájsť podrobným čítaním v rôznych častiach práce. Napr. - Mohli by ste vysvetliť údaje popísané na Obrázku 26? Čo konkrétne znamená popis osi x a y? Viem, čo znamená FSC (vysvetlenie som našiel v zozname skratiek a v literárnom prehľade), a podľa zmienky na strane 29 predpokladám, čo znamená B6, ale nepochopil som, čo konkrétne znamená písmeno "A" za týmito označeniami. Ide o matematickú úpravu daných dát konštantou "A"? Využitie literatúry a jej citovanie Podľa uvedeného zoznamu použitej literatúry sa mi javí, že práca nie je vytvorená z aktuálne publikovaných prác, pretože len 1% citovaných článkov bolo vydaných v posledných 5 rokov a približne 18% článkov pochádza z posledných 10 rokov. Zvyšok tvorí staršia literatúra. Viem, že daný výskum prebieha už desiatky rokov, ale daný zámer považujem za aktuálny a dokonca na danú tému som našiel niekoľko prác aj z aktuálneho roku. Citovanie použitej literatúry nie je v zmysle zaužívaných spôsobov bežne používaných vo vedeckých publikáciách. Odkaz na literatúru by mal byť uvedený bezprostredne za citovanou myšlienkou a nie na konci "prevzatého" odseku, čo evokuje formálne preberanie blokov textu zo sekundárnych zdrojov citovanej literatúry namiesto formovania textu z myšlienok daných prác. Navyše v úvode autor necituje literatúru vôbec. Sú informácie uvádzané v úvode pôvodné myšlienky autora, alebo sa jedná len o nezacitovanú časť práce? Úroveň jazykového spracovania Z môjho pohľadu bola jazyková úroveň práce na výbornej úrovni. Len v niektorých parciálnych častiach práce bolo cítiť anglický syntax, ktorý by si vyžadoval ešte miernu korekciu od autora. Formálna úroveň práce - celkový dojem Z formálneho hľadiska pôsobili rušivo predovšetkým chyby vyplývajúce z môjho pohľadu viac z nepozornosti ako nevedomosti autora. Napr. - Tabuľka 3 => Na2HPO3.12H2O (fosforečnanový anión je nesprávne uvedený), - Tabuľka 4 => CuCl.2H2O; CoCl.2H2O (chýbala početnosť chloridových aniónov v molekule), - Tabuľka 5 => Na2HPO4. 2H2O (chýba index dolu), - zoznam skratiek označenie PhaA a PhaB sú označenia enzýmov nie ich génov. Okrem toho som sa v práci napríklad nedočítal, aká koncentrácia xylózy bola v zásobnom roztoku, ktorý sa na viacerých miestach práce spomína. Prečo ste nutričný bujón označovali v celej práci ako Nutrient Broth? Bol to nejaký obchodný názov produktu so špecifickým zložením, alebo to bola len formálna chyba? Závery práce a ich formulácia Závery by mali byť odpoveďou na základnú hypotézu práce, štandardne rozdelenú na sub-hypotézy, ktoré sú v rámci práce podrobované hodnoteniu v zmysle štúdia literatúry a experimentálnej činnosti. Cieľom práce bolo zhodnotiť, či akumulácia PHAs a ich spätné využívanie ovplyvňuje odolnosť voči pôsobeniu vybraných stresových faktorov, predovšetkým extrémnych teplotných podmienok a mrazových cyklov. Bohužiaľ som sa v relatívne rozsiahlom texte záveru nedozvedel odpoveď na túto hypotézu.

eVSKP id 162526