NEDVĚD, J. Zpracování genomických signálů fraktály [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2012.
Student Jiří Nedvěd přistupoval k řešení aktivně a pravidelně se dostavoval na konzultace. Nastudoval relevantní literaturu včetně nestandardních metod zpracování DNA. Výstupem projektu je program, schopný zpracovat zvolená data z veřejné databáze NCBI. Výsledky bakalářské práce Jířího Nedvěda jsou hodnotné a mohou být dále použity pro výzkum vyšší analýzy libovolného genomu, nebo proteomu. Student také prokázal schopnost samostatného myšlení a schopnost řešit problémy. Z hlediska formálního a logického je práce napsaná na velmi dobré úrovni. Zadání práce považuji za splněné.
Student Jiří Nedvěd se ve své práci zabýval možnostmi fraktálové reprezentace a analýzy genomických dat. Podle zadání se zabýval specifickými metodou Chaos Game Representation pro popis DNA a metodou Box Counting pro jednoduchou analýzu vzniklých reprezentací. Na základě pokynů vedoucího metody realizoval v prostředí MATLAB a v souladu se zadáním ověřil na příkladech a reálných datech. Práce obsahuje stručný, ale účelný popis DNA a princip kódování genetické informace, detailní popis obou zadaných metod a základy fraktálové teorie nutné k pochopení možností interpretace výsledků metod. Kapitola "Získané výsledky" obsahuje ověření správnosti konverze sekvence do číselného pole a výsledky zpracování reálných sekvencí lidských chromozomů. K práci lze mít následující výtky. Práce má poněkud zvláštní členění. Obsahuje v podstatě pouze dvě kapitoly (nepočítaje krátký úvod a závěr): "DNA a její kódování" a "Sestavený program". Vzhledem k obecně akceptovanému charakteru závěrečných prací a i k zadání práce by zřejmě bylo účelnější dělit text do tradičních kapitol: teoretická část, popis problému, popis řešení, výsledky a diskuse. Práce sice obsahuje všechny tyto části, nicméně popis řešení s částí výsledků jsou prezentovány formou popisu programu a jeho ovládacího prostředí. Aplikace sice byla jedním z cílů v zadání, nicméně její popis je vhodný spíše do přílohy. Požadovaná diskuse výsledků je obtížně zhodnotitelná, neboť se prolíná s popisem ovládání programu (viz např. popis výsledků prahování závisejícím na pořadí kliknutí myší na tlačítka). Přes uvedené nedostatky lze práci považovat za průměrně zdařilou a výsledky za užitečné. Student splnil zadání a dosáhl vytčených cílů.
eVSKP id 49151