POKORNÝ, P. Ramanova spektroskopie jako nástroj pro analýzu mikrobiálních buněk [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2019.

Posudek vedoucího

Samek, Ota

Předložená práce se zabývá experimentálně aktuální oblastí směřující k biotechnologickým aplikacím. Cílem experimentálního snažení je studium výskytu ektoinů v bakteriálním kmeni Halomonas elongata a výběr vhodného substrátu pro optimální buněčnou produkci PHA. Bakalář nastudoval literaturu a popsal teoretickou část a experimentální část. V práci jsou použity různé identifikační techniky - např. PCR a gelová elektroforéza. Hlavní důraz je kladen na Ramanovu spektroskopii. Což svědčí o schopnosti studenta využívat dostupné experimentální metody, které mohou pomoci ke splnění daných cílů. Je zřejmé, že při řešení tématu bakalář získal potřebné teoretické a experimentální znalosti. Avšak formální stránka práce a grafické zpracování není příliš zdařilé. Bakalář mohl ve své práci výrazněji a s větší péčí vyhodnotit získané výsledky a lépe formulovat teoretickou a praktickou část práce. V práci chybí podrobnější diskuze výsledků. Z těchto důvodů tuto práci hodnotím klasifikačním stupněm C-dobře

Posudek oponenta

Enev, Vojtěch

Petr Pokorný se ve své bakalářské práci zabýval studiem bakterií rodu Halomonas a dále detekcí výskytu ektoinů a hydroxyektoinů v tomto bakteriálním kmeni za použití Ramanovy spektrometrie. Úvodní část této bakalářské práce představuje dobře zpracovanou teoretickou část, která seznamuje čtenáře s extrémofilními bakteriemi zvláště pak s bakteriálním rodem Halomonas, jež je schopen ve svých buňkách akumulovat intracelulární produkty, jako jsou polyhydroxyalkanoáty. V dalších subkapitolách teoretické části nás autor seznamuje s vibrační spektrometrií, která je fokusována na teoretický úvod, princip, způsob měření a využití Ramanovy spektrometrie pro charakterizaci buněk mikroorganizmů. V případě této kapitoly oceňuji především logickou stavbu, aktuálnost použitých literárních zdrojů a odpovídající množství informací, které student uspořádal do jednotlivých kapitol (viz. kap. 2.1–2.4). Bohužel v této části bakalářské práce a rovněž i dále se nachází poměrně dost formálních chyb typografického charakteru, jako je špatné formátování textu a tabulek, rozdělené tabulky na dvě strany, neočíslované stránky, chybějící interpunkce atd. Z tohoto důvodu je orientace v textu poměrně složitá, i když je prostý text čtivý. Dále autor v subkapitole 2.3.2 píše, že každý atom má tři stupně svobody, vhodněji by bylo psát volnosti. Náplní experimentální části práce byla kultivace bakteriálního kmene Halomonas elongata, kdy byly testovány různé kultivační podmínky s ohledem na optimalizaci produkce PHA resp. PHB v intracelulárním prostoru těchto mikroorganismů. PCR a gelová elektroforéza byla v této bakalářské práci použita k taxonomickému zařazení, k ověření čistoty bakteriální DNA a v neposlední řadě i k ověření zda bakterie obsahuje specifický gen, který zodpovídá za produkci PHA uvnitř buněk. Dále byla experimentální část cílena na potvrzení přítomnosti osmolytů (ektoinů) v buňkách za použití ramanovského mikrospektrometru. Množství provedených experimentů s ohledem na jejich pracnost a časovou náročnost, dle mého názoru překračují rozsah běžných bakalářských prací. Student si v diskuzi experimentálních výsledků počíná velmi dobře, kdy se snaží spojit do správných souvislostí informace, které byly získány pomocí odlišných instrumentálních technik (viz. optimalizace metodiky kultivace). Grafy jsou přehledné a čtenář se v nich může lehce orientovat. Bakalářská práce Petra Pokorného splnila požadavky definované v jejím zadání a představuje jednoznačný přínos v oblasti studia mikrobiálních buněk pomocí Ramanovy spektrometrie, a to i v případě, že se mu nepodařila potvrdit přítomnost osmolytů v buňkách bakterií Halomonas. Tato bakalářská práce je velmi dobrým podkladem pro studentovu další badatelskou činnost. Práci hodnotím stupněm „Velmi dobře “ (B).

eVSKP id 112204