POCHLOPEŇ, T. Zařízení pro měření koncentrace intracelulárního vápníku v LabVIEW [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2014.
Stěžejní částí diplomové práce byl návrh a realizace programového řešení pro měření dynamiky koncentrace intracelulárního vápníku v srdečních buňkách v LabVIEW. Základním prvkem pro celou práci bylo SDK – soubor knihoven dodaných k fluorescenční kameře Andor iXon určené pro pořízení fluorescenčních záznamů. Druhou stěžejní fází diplomové práce byla potřeba ověření vyhotoveného programu na reálných experimentech s uzpůsobením požadavkům experimentů. Student dokázal téma řešit samostatně. Prostudoval vybrané funkce z knihoven SDK kamery a zapracoval je do snímací části programového řešení. Další část pak tvoří zpracování sekvencí obrazů a jejich analýza. Student své řešení v práci vhodně a dostatečně popsal a okomentoval. Zadání je v teoretické i praktické části splněno. Jako nedostatek vidím malou aktivitu, která by pro práci vynaložena zpočátku. Student ji vynahradil zvýšenou aktivitou v posledním semestru a zejména v posledních týdnech. To však mělo za důsledek malý rozsah experimentů, na kterých bylo potřeba program doladit. Proto i samotný program obsahuje ještě několik menších nedostatků a prezentované řešení bylo možné dotáhnout do ještě pokročilejšího řešení, např. v synchronizaci se stimulací a zavedením exportu výsledků. V tomto případě je ale potřeba brát ohled i na náročnost tématu a občasné problémy s využitím knihoven kamery.
Ve své práci se student zabýval návrhem systému pro akvizici a analýzu fluorescenčních dat pro měření koncentrace intracelulárního vápníku na buňkách. Teoretická část obsahuje stručnou ale vystižnou rešerši z oblasti fluorescenčních technik používaných pro sledování koncentrace vápníku v experimentálních studiích. Zcela chybí popis základních metod analýzy obrazů. V této části bych vytkla nevhodnou prezentaci grafických výstupů: v textu např. zcela chybí odkazy na obrázky, některé grafy a schémata nejsou popsány dostatečně detailně, což významnou měrou snižuje jejich srozumitelnost, chybí popis použitých zkratek, apod. Obr. 4.2. například opakuje informace uvedené na předchozím obrázku, který by tak mohl být vypuštěn. Praktická část je věnována popisu navržené metodiky snímání koncentrace vápníku, a také softwaru pro akvizici a analýzu fluorescenčních dat. Jako fluorescenční indikátor byl vybrán široce používaný nepoměrový indikátor fluo-4. V teoretické části autor uvádí, že pro měření koncentrace vápníku pomocí nepoměrové metody je důležité provádět kalibraci systému před samotným měřením za použití roztoku se známou koncentrací vápníku. Z popisu akvizičního systému a metodiky měření ovšem nevyplývá, že systém umožňuje provádění kalibrace, což limituje možnosti jeho používání. Na Obr. 8.1 je ukázka porovnání výsledků filtrace s různými váhovacími okny, na základě čehož bylo údajně vybráno obdélníkové okno. Ovšem výsledky filtrace tímto oknem na daném obrázku nejsou vyobrazeny. Autor nediskutuje zpoždění signálu, které vzniká filtrací pomocí různých metod. U některých výstupních grafů jsou použita nevhodná označení svislých os (např. "Amplituda" v grafu průběhu frekvence oscilace na Obr. 8.2, a "Amplituda" a "Čas" na grafech průměrných hodnot snímané intenzity v bloku 6 hlavního panelu softwaru, viz např. Příloha 1). Některé bloky nastavení parametrů akvizice a analýzy dat jsou uspořádány chaoticky na hlavním panelu softwaru. Oceňuji provedení testování na reálných buněčných preparátech při hledání optimálního nastavení systému umožňujícího dosažení co nejkvalitnějších výsledků. Po formální stránce je práce na průměrné úrovni s některými nedostatky (např. neseřazené položky v seznamu literatury, místy nejasné a nepřesné formulace). Vzhledem k náročnosti zadání a dosaženým výsledkům hodnotím práci stupněm C/73b.
eVSKP id 73100