TESÁK, F. Profilování bakteriálního metylomu pomocí nanoporového sekvenování [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2024.
Student Filip Tesák se ve své diplomové práci zaměřil na vysoce aktuální a experimentální téma detekce metylovaných bází přímo ze sekvenace bakteriálních genomů. K tomuto tématu zpracoval přehlednou literární rešerši, podloženou velkým množství kvalitních literárních zdrojů, zabývající se jak biologickou podstatou metylace DNA tak metodami jejich výpočetní detekce. Velice oceňuji zejména praktickou stránku popisu nástrojů, jejich instalace, nastavení a spuštění. Je patrné, že nad touto nelehkou částí student strávil velké množství času a může sloužit jako kvalitní základ pro navazující práce v oblasti výpočetní epigenomiky. Po formální stránce nemám k práci žádné výhrady. Samotné zpracování výsledků a jejich diskuse je však na velmi nízké úrovni. Příčinou je dlouhá časová náročnost detekce metylací, kdy se studentovi i přes prodloužené odevzdání povedlo vyhodnotit pouze jeden sekvenační běh se šesti genomy, u druhého nástroje pak pouze první tři genomy z tohoto běhu. Vzájemná podobnost výstupů obou nástrojů stejně jako i samotná klasifikace bakteriálních kmenů je hodnocena pouze vizuálně. Navíc výsledné hodnoty detekovaných metylací řádově až tisíce v jednom genu nedávají smysl. Z tohoto důvodu hodnotím práci jen jako dostatečnou stupněm E, 55 bodů a doporučuji k obhajobě.
Práci doporučuji k obhajobě a navrhuji hodnocení "hraničně" (E, 50 bodů). Splnění požadavků zadání: Body 1-3 považuji za výborně splněné. Body 4-6 bych označila jako nejnutnější minimum považovatelné za splněno. Prezentační a formální úprava; práce s literaturou: Úprava práce je, kromě drobností (např. různé jazyky v obrázcích), na kvalitní úrovni. Výtku mám pouze k referencím - seznam literatury je řazen abecedně, a proto odkazy v textu neodpovídají standardu uvádění zdrojů vzestupně (první reference má č. 10, druhá 92). Popis dílčích úloh: Celkově je postup řešení popsán srozumitelně, první část také detailně. Seznam výhod a omezení jednotlivých nástrojů v kapitole 4 je velmi přínosný. Začátek kapitoly 5 je podrobný; z textu je patrné, že student věnoval velké úsilí (časové i psychické) instalaci nástrojů. Bohužel chybí specifikace stroje, na který byly nástroje instalovány, což značně omezuje využitelnost sdíleného postupu. Také oceňuji detailně zpracovaná bloková schémata. Od sekce 5.3 je znát blížící se deadline, popis je již skromný a text působí mírně chaoticky. Např. umístění tabulek 5.2 - 5.4 bych považovala za vhodnější v předchozí sekci, jelikož se jedná o výstupy z nástrojů popsaných v části 5.2. Popis a diskuze výsledků: Navržená klasifikace je založená na vizuální analýze, konkrétně převedení počtu identifikovaných metylací do heatmaps. Přestože to nepovažuji za špatné řešení či nesplnění zadání, rozhodně je to řešení zajímavé. Podobnosti bakteriálních kmenů stanovené dle uvedených výsledků lze hodnotit minimálně jako spekulativní. Závěr neobsahuje žádné konkrétní informace o dosažených výsledcích.
eVSKP id 159767