CHUTNÝ, P. Studium viability kardiomyocytů s využitím konfokální mikroskopie [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2015.
Rešerše představená v práci je obsáhlá, vystihuje studovanou problematiku a je podložena dostatečným množstvím literatury. Na druhou stranu, v rešerši, ale také v praktické části, student často spadá k vypravěčskému stylu popisu, odborné fomulace a technický text jsou často zaměňovány za příliš populární výrazy a způsob vyjadřování. Mnohdy chybí dostatečná odbornost. Student projevoval o téma zájem a projevoval dostatečnou aktivitu, když se zajímal se o laboratorní práci. Laboratorní data byla nasnímána v dostatečném rozsahu pro možné splnění zadání a dosažení kvalitních výsledků. Student se ale opozdil se zpracováním výsledků a jejich konzultacích. Výsledky tak nejsou vždy korektní a podle představ vedoucího práce a zadání, obsahují řadu nedostatků. Jednotlivé části práce, zejména praktická část, obsahují řadu vážných chyb. V prvé řadě je velkým nedostatkem manuální zpracování dat z laboratorních experimentů. Bylo vhodné, aby výběr buněk, jejich segmentace a analýza výsledných objektů byly automatizovány. Prostředí Matlab k tomu nabízí všechny potřebné, velmi dobře využitelné, prvky zvladatelné i pro studenta na úrovni bakalářského studia. Představené řešení s řadou potřebných manuálních kroků a předzpracování dat je tak neefektivně řešené. Představené výsledky jsou nepřehledné a nesystematické. Řešení, zvolené studentem, je velice subjektivní. Výsledky jsem pochopil až po bližším vysvětlení studentem. Jednotlivé objekty, buňky, se v pořízených datech svými vlastnostmi značně lišily a odlišovaly se také vstupními parametry. Jelikož nejsou snímané objekty rozděleny do tříd podle svých vlastností, jsou podané grafické výstupy nepřehledné a často nevypovídající. Vážné chyby jsou obsaženy také v úsecích práce, která se zabývá zpracováním obrazů ve světlém poli nebo fluorescenčních intenzitních snímků. V několika případech se studentovi nepodařilo buňky z pozadí vyjmout a analyzovat jako samostatné objekty, a proto vyvozuje nesprávné závěry. Můžeme se například dočíst, že buňky narůstají z nulové velikosti a jejich velikost následně roste a pak opět klesá, nebo v jiném případě se vůbec nemění. Také, že buňky nelze v běžném případě v mikroskopii ve světlém poli z pozadí oddělit, ale až po provedení negování obrazu. Což v obou případech neodpovídá skutečnosti, ale mohou za to chybně zvolené postupy a chyby ve vytvořeném algoritmu. Celkově vzato, přestože lze zadání považovat obsahově za splněné a práce je o dostatečném rozsahu, celkově je práce v mnoha ohledech na špatné úrovni, zvolené postupy nejsou korektní, práce postrádá odborné zpracování a obsahuje řadu chyb.
Student Pavel Chutný se ve své práci zabývá studiem viability kardiomyocytů pomocí konfokálního mikroskopu. Literární rešerše je rozdělena do čtyř samostatných kapitol a pojednává o použitých buňkách a technikách. Trpí však mnohými nedostatky. Vyskytuje se v ní celá řada nepřesných formulací. Např. str. 13 koncentrace rozpuštěných látek 10-12 mol/l, na -12 patří nejspíše horní index, dále v kapitole 1.2 student nazývá vnitřní fluorofory fluorescenčními barvivy, nebo zaměňuje aromatické cykliny za cykly. Dále tvrzení, že rozměr kardiomyocytů závisí na době, ve které byly izolovány je zarážející. Terminologických nedostatků je v celé práci více a naznačují, že student pravděpodobně zcela nepronikl do dané problematiky. Kapitolu 1.3.6 by bylo vhodné sloučit s kapitolou 1.3.3 a zdůvodnit její přítomnost v práci, takto jsou definovány pouze jisté pojmy, avšak jejich souvislost není zcela vysvětlena. Kapitoly 1.3.4 a 3.4.4 by také bylo vhodné také sloučit. Některé věty nejsou zcela konzistentní a není z nich zřejmé, co jimi autor myslí. Značná neucelenost se ostatně vyskytuje v celé práci. V kapitole věnované programovému vybavení se student ihned věnuje popisu vytvořeného programového prostředí. Zde bych ovšem ocenil nejprve popsané blokové schéma společně se základním popisem, co vytvořené programové prostředí umožňuje a jaké k tomu využívá funkce. Rovněž se student nikde v práci nezmiňuje, jaká data musí do programového prostředí uživatel zadávat a jaké jsou jejich limity. Z textu není ani po opětovném přečtení patrná funkčnost programu (co a proč program realizuje), pouze základní funkčnost lze usuzovat z blokového schématu. Programové prostředí nebylo možné, vzhledem k chybě při načítání snímku se spočítanými buňkami, otestovat. V praktické části (kapitola 6) by bylo vhodné uvést alespoň velikost zkumavky, ve které jsou buňky inkubovány s Calceinem (termín naplnění ze tří čtvrtin není absolutně vypovídající). V kapitole 6.2 chybí výčet nastavení mikroskopu, na které student odkazuje. U výsledků na str. 42 student nesprávně vybral oblast zájmu, větší než buňka a veškeré průběhy mu tak vyšly konstantní. Zde je otázkou, proč jsou takové výsledky do práce zahrnuty. Z dalších průběhů lze usoudit, že student segmentační algoritmus optimalizoval a získal jisté výsledky. Otázkou ovšem zůstává jejich správnost. Vizualizace dat na obrázcích 27, 28, 29, 32, 33 a 36 je nevhodně zvolena, neboť z těchto průběhů nelze zcela nic vyvodit. Snímky vpravo na těchto grafech student prezentuje jako vybrané podobné průběhy. U některých (např. obrázky 27 a 28) však nepopisuje, jaké si stanovil podobnostní kritérium a jak jej hodnotil. Po formální stránce je nutné studentovi vytknout psanou formu, celá práce je sepsána spíše formou populárně-naučné literatury než technickým jazykem. V práci se dále vyskytuje řada typografických chyb. Číslování rovnic je uvedeno až na řádku následujícím po rovnici, u některých rovnic chybí vysvětlení vystupujících veličin. Tabulka 1 a některé obrázky nejsou zarovnány na střed a především u tabulek není sjednocen jejich vzhled. Kvalita některých obrázků v teoretické části je nízká a není na ně téměř vůbec odkazováno. Navazování obrázků pomocí dvojtečky na konci odstavce není příliš vhodné (viz např. Obrázek 1 a Obrázek 2). Rovněž výskyt výrazů typu „konkofál“, „Přetáhnout data o velikosti 10 GB z mikroskopu do notebooku zatraceně dlouho.“ , tvrzení „fibrilace je jev, kdy se každá buňka stahuje, když se jí zachce“ či „vždyť kyslíku a ostatních surovin není nikdy dost“ není v bakalářské práci žádoucí. V práci se také vyskytuje poměrně značné množství překlepů, zejména v kapitole 6. Seznam literatury obsahuje 29 literárních zdrojů. Není však uspořádán ani dle výskytu v textu, ani dle abecedy. Některé odstavce a tvrzení nejsou citovány (např. druhý odstavec v kapitole 1.3). Vzhledem k výše popsaným skutečnostem, považuji zadání práce za nesplněné, hodnotím práci stupněm F/35b a nedoporučuji k obhajobě.
eVSKP id 84351