ZIMOLKA, J. Multi-tensorové zobrazování detailu míchy z dMRI dat s vysokým úhlovým rozlišením [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2017.
Bakalář Jakub Zimolka v průběhu celé doby řešení pravidelně aktivně konzultoval zadanou problematiku a prokázal schopnost samostatně pracovat na zadaném projektu. Během literární rešerše prokázal, že je schopný pracovat s velkým objemem literatury dostupným převážně pouze v anglickém jazyce, odborných knih a vědeckých publikací posledních let. Student splnil všechny požadované body zadání a smysluplně interpretoval dosažené výsledky. Nad jeho rámec se aktivně účastnil praktického měření, sběru dat a aktivně konzultoval zadanou problematiku s tuzemskými i zahraničními experty v oboru. K formální úrovni zpracování práce nemám zásadních výtek. Kladně hodnotím i aktivní prezentaci jeho průběžných výsledků na studentské konferenci, kde obdržel první cenu za nejlepší příspěvek v kategorii zpracování signálů a obrazů. Momentálně probíhá sběr pilotních dat od prvních pacientů postižených cervikální myelopatií a je velmi pravděpodobné, že studentova práce položila jeden ze základů reálné časopisecké publikace v klinickém výzkumu diagnostiky zmíněné nemoci. Diplomní práci studenta Jakuba Zimolky doporučuji k obhajobě a hodnotím 100/A.
Diplomant ve své práci řešil zadání orientované na návrh, implementaci a testování postupu pro zpracování difúzně váhovaných MR obrazů míchy k získání charakteristik vícesměrové difúze. Tato problematika je významná pro zvýšení spolehlivosti traktografie axonálních svazků zejména v mís ech dělení a křížení svazků. V rámci zadání se diplomant zaměřil na nalezení postupů vyhodnocení programy FSL a SCT, jejich dávkovému řízení pomocí vlastních skriptů a využití možností paralelizace nabízené národní infrastrukturou MetaCentrum. Práce představuje pionýrský čin týmu vázaného na laboratoř MAFIL CEITEC MU a její význam je zejména v tomto kontextu tím, že vytváří prvotní technické řešení pro zpracování difuzometrických dat za hranicí tenzorového modelu. Z hlediska členění a estetiky je práce velmi uspokojující, jazykově a formulačně převážně na dobré úrovni, zdroje převzatých obrázků jsou zodpovědně uvedeny. Za zmínku stojí terminologická selhání typu „fraktální“ místo „frakční“, „difuzní tensorové zobrazení“ místo „zobrazování tenzoru difúze“, „orientační distribuční funkce“ místo „funkce distribuce orientací“, „susceptibilní“ místo „susceptibilitní“ a nevysvětlené „přesegmentování“. V průběhu práce došlo k menší odchylce od zadání: od traktografie ke skupinové volumetrii a od multitenzorového modelu k modelu „ball and stick“, z nichž jen první odchylka je vysvětlena. V úvodních kapitolách se student pokusil shrnout teorii MR měření difúze, předzpracování dat a modelování difúze. Kapitoly 1.1-1.2 obsahují značný počet nesmyslů ukazujících na nepochopení principů MR a vzniku váhování difúzí (viz komentovaný text). V kap. 1.3 zcela chybí vysvětlení např. rov. (1.12), která je zřejmě podstatně využívána později. Geometrické transformace postrádají fyzikální podklad, fúze je popsána zcela mlhavě a ač je s tímto pojmem později intenzivně operováno, nikde není tento pojem konkretizován. Houghova transformace je vyložena na dětsky jednoduchém příkladu bez náznaku, jak může být tento princip implementován pro zpracování reálných dat. Popis DTI zcela opomíjí význam parametru , definice MD (1.33) je zcela chybná a definice FA (1.34) přinejmenším nestandardní. Chybí popis multitenzorového modelu a důvody jeho zavržení. V zásadě ale od specializované diplomové práce nelze čekat více než solidní rešerši, a v tom je úkol v podstatě splněn. V sekci metod je zřejmě stěžejním inženýrským dílem sestavení postupu z obr. 13. Tomuto významu měla odpovídat kvalita zpracování: předpokládal bych vysvětlení všech obrazových i podstatných neobrazových dat, procesů (vstupů, algoritmů, výstupů) a technických řešení jejich propojení (popis skriptů, hard/softvérových požadavků atd.). Obr. 13 vede k absurdně vyhlížejícím závěrům (např. že DWI je potřebný ke stanovení transverzálního T2-váhovaného obrazu). U popisu metod měření není uvedena motivace, např. proč kombinovat sagitální obrazy s TE=98ms s transverzálními s TE=17ms. Možná by to vysvětlil popis „fúze“, kdyby byl vysvětlen. Chybí vysvětlení přiřazení frakčních objemů f1 a f2. Fitování histogramů analytickými funkcemi po těchto opomenutích působí velmi samoúčelně, jako omračující matematizační exkurs. Časové nároky nejsou podloženy časovou profilací jednotlivých operací, ani není vysvětlen princip zmíněného urychlení. Přiložené skripty mají převážně charakter prototypu (pevné cesty, názvy souborů apod.) a nelze je považovat za samokomentující. Pozitivní je alespoň stručný prozaický popis v příloze Manuál ke spuštění automatického zpracování dat. Vzhledem k tomu, že u inženýrského díla je technický popis podstatný, považuji tuto kapitolu za velmi poddimenzovanou a za největší slabinu práce. Kap. 3 prezentuje aplikované výsledky a představuje verifikaci navržených postupů. Obrázky prokazují funkčnost provedeného díla a ukazují, že autor prověřování funkce obrazových manipulací věnoval značnou péči. Místy jsou ale obrázky nedostatečně popsány (např. obr. 18 c, d, obr. 42). Výsledky skupinové volumetrie v kap. 3.5 považuji z příliš pozitivisticky laděné: ukazují, ale nevysvětlují, zda např. tvary distribucí nejsou důsledkem nelineárních transformací ve výpočtech, neukazují intra-subjektovou reprodukovatelnost. Zarážející je lehké přijetí signifikantního rozdílu FA mužů a žen na str. 75. Přes četné výhrady práci hodnotím pozitivně s vědomím komplikovanosti problematiky a pionýrského charakteru práce a cíle zadání doporučuji považovat za splněné.
eVSKP id 102384