KOVALČÍK, T. Neuroinformatika: metody kalibrace v multicentrické MR studii [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2010.

Posudek vedoucího

Provazník, Ivo

Student Tomáš Kovalčík se věnoval řešení zadaného problému zodpovědně, pravidelně docházel na konzultace ke školiteli i na pracoviště IBA MU, zúčastnil se také konzultace na Psychiatrické klinice FNB. Jako solidní hodnotím také samotné zpracování předložené práce, ve které je oddělena teoretická část zpracovávající recentní odbornou literaturu, od části tvůrčí, která bohužel trochu pokulhává za studentovou iniciativou. I přes jisté problémy s vývojem algoritmů v praktické části diplomové práce lze však konstatovat, že většina z původně zamýšlených cílů práce byla splněna. Student odladil a odzkoušel převzaté registrační algoritmy na vlastních datech, přičemž musel samostatně vyřešit celu řadu dílčích problémů s formáty dat, s uspořádáním obrazů apod. Dále byl schopen realizovat vlastní návrhy simulátorů artefaktů v MRI obrazech, které mohou být užitečné při plánování studií nad obrazovými daty pocházejícími z různých MRI pracovišť.

Posudek oponenta

Říha, Ivo

Práce je zaměřena na zpracování obrazu MRI pro využití v multicentrických MRI studiích s přihlédnutím ke zkreslujícím mechanismům, které vstupují do procesu akvizice MRI skenerem. V úvodní kapitole autor stručně vysvětluje základní principy MRI s uvedením významů časů T1 a T2 a metod buzení sekvencí SE, SRE/STE, IR, GE/GRE. Vše je doplněno názornými obrázky. Kapitola 3 a 4 shrnuje dosavadní poznatky využití zobrazovacích metod v psychiatrické praxi. Následující kapitola popisuje způsob odstranění deformací pomocí fantomových měření, zde bych očekával rozsáhlejší rozbor s názornou ukázkou. V kapitole 7 jsou precizně popsány artefakty vznikající akvizicí MRI skenerem s nastíněním možností odstranění těchto artefaktů vhodným nastavením parametrů MRI skeneru respektive budících sekvencí. Zde bych čekal podrobnější rozbor "artefaktu ze susceptibility" který má velký vliv na linearitu přenosu obrazové i poziční informace při akvizici. Autor dále popisuje metody registrace obrazů. Zabývá se artefaktem vzniklým nelinearitou v přenosu obrazové informace (INU), součástí kapitoly je i simulace INU artefaktu na 2D obraze axiálního T1WI, kde díky převodní charakteristice tiskárny není na uvedených třech MR obrazech artefakt patrný, očekával bych názorné doplnění třeba histogramy. Následně popisuje principy vzniku zkreslení linearity přenosu poziční souřadnice při akvizici MRI. Současně navrhuje metody simulace geometrického zkreslení za pomocí dostupných příkazů v MATLABu a na základě vlastní aplikace algoritmem "Thin Plate Splines". Vše názorně doprovází obrázky jak prostorové ekvidistantní mřížky, tak reálných MR obrazů. V poslední kapitole autor srovnává jednotlivé metody registrace na základě globální podobnosti souboru obrazových dat. Z formálního hlediska bych chtěl uvést několik poznámek, pokud se v práci uvádí obrázky z modalit jako je MRI, je zapotřebí nechat informace o budící sekvenci buď přímo v obraze, nebo těmito údaji doplnit popis obrázků. V druhé kapitole není uveden odkaz na literaturu [4], jenž tam evidentně patří, drobné překlepy typu "standarty" (str. 20), užití nevhodných slov jako "Takhle" (str.53,56), nepřesnosti v terminologii, rovina "inferior, superior, anterior, posterior", nejedná se o roviny ale pouze o označení polohy bodu v anatomii člověka (str.43), pokud by se chtěl autor vyjadřovat odborně, musel by použít slov jako "kaudalní, rostralní, kraniální, mediální, laterální, dorzální, ventrální", kde je ovšem interpretace závislá na popisované části lidského těla. V posledních třech kapitolách užil autor vlastního experimentu, čímž splnil zadání diplomové práce. Přece jenom bych však očekával celkové přehledné shrnutí výsledků práce diplomanta.

eVSKP id 27118