PERNÁ, K. Vliv přírodních a syntetických ligandů G4 na transaktivaci p53 [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2022.

Posudek vedoucího

Brázda, Václav

Ve své diplomové práci se Bc. Kristýna Perná věnovala studiu v izogenním kvasinkovém expresním systému. V rámci své práce studentka nejprve zpracovala přehledný literární úvod se zaměřením na protein p53 a G-kavadruplexové ligandy. V experimentální části úspěšně testovala tvorbu G-kvadrulexu, vliv několika přírodních látek na stabilitu těchto struktur a zejména vliv na expresy luciferázy s promotorem specifickým pro protein p53 a pro tvorbu G-kvadruplexu. Studentka si osvojila celou řadu molekulárně biologických technik a získala originální výsledky, které úspěšně zpracovala ve své diplomové práci. Studentka byla velmi aktivní a samostatná a při vypracování své diplomové práce prokázala dobrou orientaci ve studované problematice a dokázala vypracovat hodnotnou teoretickou část, stejně tak se jí podařilo zpracovat, komentovat a diskutovat experimentální výsledky. Proto celkově hodnotím práci a přístup studentky jako výborný a hodnotím ji známkou A. (využití poznatků z literatury, kvalita zpracování výsledků, interpretace za B, jinak vše A).

Posudek oponenta

Smetana, Jan

Předložená diplomová práce se zabývá studiem vlivu přírodních ligandů ovlivňujících vazbu a aktivitu proteinu p53 prostřednictvím sekundárních DNA struktur, konkrétně G-kvadruplexů. Základem teoretické části práce je literární rešerše tvořená celkem 140 citačními zdroji, kterými jsou v drtivé většině vědecké práce publikované v zahraničních impaktovaných periodicích. Přehledným a čtivým stylem jsou v této části sumarizovány informace o struktuře a funkci p53 proteinu, dále úvod do problematiky sekundárních struktur DNA a jejich vazeb na proteiny a základní charakteristika funkce G-kvadruplexů (G4). Poslední kapitola teoretické části se pak věnuje popisu přírodních a syntetických G4 ligandů a modelů pro jejich studium. Experimentální část tvoří analýza vlastností 4 přírodních ligandů vyskytující se v potravinách (kurkumin, kvercetin, berberin a kyselina ellagová) na transaktivační aktivitu p53. V první části experimentální části byla ověřena vazba G4 a G4 liagndů pomocí dvou metod – ThT kompetičního testu a cirkulárního dichronismu. Následně autorka provedla analýzu transaminační aktivity čtyř G4 ligandů na transformantech S. cerevisiae pomocí luciferázového reportérového testu. Výsledky experimentů jsou vhodně prezentovány formou grafů s doplňujícím komentářem. K vypracování experimentální části mám pouze jednu drobnou připomínku: – i když to nebyl přímo cíl práce, obrázek agarového gelu pro ověření intaktnosti plasmidové DNA působí v porovnání s prezentací ostatních výsledků poněkud nevěrohodně a „photoshopvým“ dojmem. V závěrečné kapitole jsou výstižně okometovány výsledky experimentů a jsou doplněny o vhodná srovnání s již publikovanými poznatky. I když autorka správně konstatuje, že předchozí výsledky v této problematice byly publikovány na nádorových liniích a ne na kvasinkových transformantech s G4 sekvencí, uvítal bych širší diskuzi ve smyslu aplikace G4 ligandů jako možných doplňků terapeutických protokolů nebo prognostických markerů v klinické onkologii. Na závěr lze konstatovat, že výše zmíněné minimální nedostatky nijak neovlivňují kvalitu předložené práce a proto ji doporučuji k obhajobě.

eVSKP id 139029