FIALOVÁ, L. Vývoj metod pro genetickou analýzu potravin rostlinného původu [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická. 2022.
Oponentský posudek na disertační práci Ing. Lenky Fialové „Development of methods for genetic analysis of plant foods“ Disertační práce Ing. Lenky Fialové je svou problematikou zaměřena na vývoj metod vhodných pro analýzu potravin rostlinného původu s cílem posoudit jejich celkovou kvalitu. Zvolené téma je velmi aktuální vzhledem k tomu, že řada potravin neobsahuje klíčové složky v deklarovaném množství a druhovém spektru, a mnohdy obsahují navíc potravinové náhražky nebo látky, které mohou představovat pro konzumenta i bezpečnostní riziko. Autorka se konkrétně zaměřila na analýzu ovocných potravinových produktů jako je pyré, ovocné nápoje (smoothies), ovocné tyčinky a dále zkoumala deset různých druhů ovoce a též čaj. Za účelem detekce a kvantifikace jednotlivých složek ve studovaných potravinách zvolila metody založené na analýze DNA, a to konkrétně některé z variant metody PCR. Dílčími úkoly bylo vypracovat protokol pro izolaci a purifikaci DNA jako výchozího materiálu pro PCR, dále navrhnout a otestovat vhodné primery a ověřit jejich specifitu vůči testované složce potraviny, a nakonec kompletní postup optimalizovat. Práce je sepsána v angličtině o celkovém rozsahu 101 stran (včetně povinných příloh). Dvě úvodní části jsou věnovány problematice analýzy potravin a surovin z hlediska možného obsahu nedeklarovaných složek a různých náhražek, které se v produktech často nacházejí. Následně jsou velmi detailně popsány metody detekce a kvantifikace ovocné složky, a to především metody prováděné PCR s uvedením faktorů, které výsledky analýz ovlivňují. Popis těchto metod včetně jejich principů má často charakter detailních protokolů. Domnívám se, že v této části práce nebylo nutné uvádět všeobecně známé (učebnicové) informace, např. o principech PCR. Ocenit je však nutno bohaté odkazy na práce autorů (celkem 131), kteří tyto metody a postupy s různým úspěchem použili a jejichž zkušenosti lze pro optimalizace analýz potravin dobře využít. Po přehledu metod dostupných pro detekci složek potravin autorka představuje cíle své disertace, které mohly být ve druhém a třetím bodě formulovány více konkrétně (a není zvykem do cílů uvádět např. zpracování literární rešerše nebo diskusi a výsledky, což jsou kapitoly, které jsou samozřejmou a nedílnou součástí každé vědecké práce). Následující nejrozsáhlejší kapitola Výsledky a diskuse shrnuje výsledky, které autorka dosáhla při izolaci DNA a následné analýze přítomnosti deseti ovocných druhů (jablko, hruška, meruňka, broskev, švestka, mango, banán, borůvka, malina a jahoda) v komerčních produktech (pyré a šťávy). Ze šesti metod izolace DNA vybrala tu nejvhodnější z hlediska dosažené čistoty DNA a úspěšnosti následných PCR reakcí. Autorka postupně velmi detailně uvádí výsledky dosažené při analýze vybraného materiálu. Je třeba ocenit nadstandardní rozsah provedených experimentálních prací, což dokumentuje počet grafů, obrázků a tabulek. V podkapitole 5.1.4. je pak průběžně shrnuto („partial summary“) to, co bylo již uvedeno výše, s doplněním diskuse k dosaženým výsledkům v konfrontaci s výsledky jiných autorů. Další podkapitola je věnována optimalizaci metody multiplex PCR a je koncipována podobně jako podkapitola předchozí. Poslední dvě kapitoly pojednávají o možnostech aplikace testovaných metod izolace DNA a metod PCR při analýze komerčních produktů, což je jistě očekávaným praktickým přínosem disertační práce. Nejhodnotnější závěry spatřuji ve srovnání účinnosti a spolehlivosti použitých metod na velkém počtu vzorků, v detailním a kritickém vyhodnocení získaných výsledků a na základě toho navržení postupů jak pro izolaci a purifikaci DNA, tak i pro optimalizaci jednotlivých variant PCR. Celkově lze konstatovat, že Ing. Fialová zvládla všechny metody nezbytné k dosažení vytčených cílů a dosáhla výsledky, které publikovala (jako první autorka) v kvalitním mezinárodním časopise Molecules se solidním IF, další prvoautorský rukopis je v recenzním řízení, a prezentovala je rovněž na 6-ti konferencích (bohužel u dvou uváděných abstraktů není uvedeno, na jakých konferencích byly příspěvky prezentovány – prosím o informaci). Po formální stránce je práce zpracována pečlivě, dosti atypické je členění i obsah kapitol, např. obvyklá kapitola Materiál a Metody chybí, a příslušné údaje jsou součástí Experimentální části, kde jsou metody uváděny porůznu v kontextu analýz, které jimi byly prováděny (obvyklé členění je v publikovaném článku (v časopise Molecules), do něhož jsem proto pro lepší orientaci v práci rád nahlížel). Vybrané připomínky Str. 25: Na co odkazuje symbol 0 ? Str. 37 a 38: Vložen text (patrně automaticky): hlášeny chyby – nenalezen zdroj odkazů. Tyto chyby je třeba v práci před její archivací opravit. Počet drobných gramatických nepřesností je únosný a tyto neubírají práci na srozumitelnosti. Závěr: Ing. Lenka Fialová prokázala tvůrčí schopnosti v dané oblasti výzkumu a její práce splňuje požadavky standardně kladené na disertační práce ve studijním programu Chemie a technologie potravin. Práci doporučuji k obhajobě. Prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc. V Brně 25. 11. 2022 Ústav experimentální biologie PřF MU
eVSKP id 150287