VELC, Š. Nástroj pro vizualizaci transkriptomických dat [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2025.
Bakalářská práce se zabývá návrhem a realizací nástroje pro vizualizaci transkriptomických dat. Celkový rozsah práce je 65 stran od úvodu po závěr. Teoretická část je zaměřena na RNA sekvenování, analýzu RNA-Seq dat a jejich vizualizaci. Práce cituje 53 literárních zdrojů, převážně odborných článků. Rešerše je vhodně strukturovaná a shrnuje základní poznatky, které student dále aplikuje v praktické části. V praktické části student zpracoval surová RNA-Seq dat vybrané bakterie za účelem přípravy datasetu pro návrh a testování vizualizačního nástroje. Výsledná aplikace byla realizována jako webová stránka bez nutnosti instalace, aby byla snadno dostupná i uživatelům bez bioinformatických znalostí pro explorativní analýzu RNA-Seq dat. Nástroj je detailně popsán jak v práci, tak přímo v aplikaci, včetně způsobu jeho použití. Student pravidelně konzultoval postup práce, přicházel s konkrétními dotazy a prokázal schopnost samostatně řešit zadané úkoly. Práci doporučuji k obhajobě a hodnotím ji jako výbornou (A, 96 bodů).
Student Štěpán Velc se ve své bakalářské práci zabývá tvorbou interaktivní aplikace pro vizualizaci transkriptomických dat, se zaměřením na nejčastěji prováděnou analýzu – diferenciální expresi. V teoretické části vhodně uvádí čtenáře do problematiky genové exprese, popisuje technologii RNA-Seq a následně se věnuje metodám zpracování transkriptomických dat. V praktické části se soustředí na samotnou implementaci aplikace v programovacím jazyce Python. Praktická část je zpracována na velmi vysoké úrovni. Student nejprve provádí vhodné předzpracování transkriptomického datasetu, který je následně využit jako testovací sada pro demonstraci funkčnosti vytvořené aplikace. Aplikace samotná představuje užitečný nástroj pro rychlou a intuitivní analýzu transkriptomických dat, a to nejen pro studenty, ale také pro výzkumné pracovníky, kteří si chtějí vytvořit základní představu o datech, případně pro uživatele bez znalosti programování. Uživatelský návod k aplikaci je přehledně a srozumitelně zpracován. Po formální stránce je práce na výborné úrovni. Text je srozumitelný, logicky strukturovaný a bez překlepů. Práce obsahuje dostatečné množství kvalitních citací. Drobnou výhradu mám pouze k častému citování celých odstavců; vhodnější by bylo citovat jednotlivá tvrzení samostatně. Práce splňuje zadání v plném rozsahu, a proto ji doporučuji k obhajobě a navrhuji hodnocení A / 95 bodů.
eVSKP id 167498