JUGAS, R. Číslicové zpracování rostlinných genomů [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2014.
Student Robin Jugas v rámci své bakalářské práce vypracoval hodnotnou literární rešerši pojednávající o vlastnostech různých typů rostlinné DNA a o metodách konverze znakové sekvence DNA do podoby genomických signálů. Tato část práce je navíc doplněna o výstupy vlastních realizací těchto metod vyzkoušených na rostlinných sekvencích DNA a je podložena studiem velkého množství kvalitní zahraniční literatury. V rámci praktické části student navrhl aplikaci s uživatelským rozhraním umožňujícím srovnání klasifikace organismů na základě znakových a signálových metod. Tuto aplikaci následně použil na srovnání klasifikace na velkém množství sekvencí z mitochondriální a chloroplastové DNA. Výsledky analýz jsou v práci diskutovány, bylo by však zajímavé uvést ještě některé mezikroky, např. jak vypadají zarovnané a detrendizované signály. Vytknout musím také několik vágních a rozporuplných formulací a menší množství překlepů. Student ke své práci přistupoval svědomitě, o čemž svědčí i to, že výsledky práce prezentoval na studentské konferenci EEICT 2014. Práci proto doporučuji k obhajobě a hodnotím stupněm B.
Student Jugas Robin se ve své práci zaměřil na možnosti vyhodnocení příbuznosti organismů na základě podobnosti signálových reprezentací rostlinných mimojaderných genů. Celkový počet 46 relevantních literárních zdrojů použitých v práci svědčí o svědomitém seznámení s danou problematikou. Student v práci navrhl, realizoval a otestoval vlastní přístup ke klasifikaci organismů na základě tří typů signálových reprezentací metodou kumulované a rozbalené fáze a tzv. „DNA walku“. Programová realizace je doplněna i o uživatelské rozhraní (GUI). V práci ovšem mezi teoretickou částí popisu metod a popisem prvků uživatelského rozhraní postrádám podrobnější rozbor realizace algoritmu, klasifikace a zpracování genomických signálů. Hlavními nedostatky jsou zdůvodnění volby konkrétních metod, parametrů a metrik pro vyhodnocení podobností. S tím souvisí i chybějící ukázky mezivýstupů demonstrující vliv použitých metod na zpracování genomických signálů. V programovém prostředí pak byla ponechána volba některých parametrů na uživateli, není zde však dostatečně uvedeno co a jak má uživatel volit a čeho změnou dosáhne. Vyhodnocení klasifikace na 20 sekvencích 3 mitochondriálních a 3 plastidových genů pokládám za dostatečné. Zpochybnitelná je jen volba použitých sekvencí, kdy např. v jednom setu je sekvence přibližně 20x delší než ostatní. Metody přizpůsobení délek ať už sekvencí či signálů by v tomto případě byly neúčinné. Po formální stránce je práce na přijatelné úrovni, vytýkám pouze větší míru překlepů, občasné gramatické nepřesnosti a nedostatečné zdroje obrázků. Přestože je téma práce poměrně nové a konkrétní zaměření na klasifikaci rostlinných genomických signálů v literatuře doposud neřešené, hodnotím pro uvedené nedostatky v praktické části práci pouze jako dobrou.
eVSKP id 72824