
Vážený uživateli,

dostal se Vám do rukou program pro restauraci odrazových dat OCT vytvořený v rámci diplomové práce Bc. Ondřeje Smékala, studenta navazujícího
magisterského studia "Biomedicínské inženýrství a Bioinformatika" ÚBMI FEKT VUT v Brně.

Program je realizován v prostředí MATLAB verze R2010a. Zpětná kompatibilita s nižšími verzemi není ověřena, ale není použita žádná funkce, 
která by byla do této verze implementována jako novinka. Tudíž by zpětná kompatibilita minimálně s verzí z r. 2009 neměla být problémem.

Celý program se spouští otevřením M-file s názvem program, který je poté nutné spustit klávesou F5 nebo zeleným trojúhelníkem na pracovní 
liště MATLABu jako tradiční skript. V případě výskytu jakékoliv chybové hlášky zveřejněné v příkazové řádce prostředí MATLAB je nutné celý 
program uzavřít a spustit znovu. Důležité je dodržet zejména posloupnost kroků a korektní zadávání editovatelných polí. 

VZOROVÉ POUŽITÍ:

1)  otevřete soubor program.m (možné pouze při nainstalovaném MATLABu, jinak se zobrazí pouze v poznámkovém bloku)
2)  po proběhnutí startu MATLAB a otevření souboru v okně "editor" stiskněte F5, otevře se pracovní okno.
3)  stiskněte tlačítko "načti obraz" a tradičním způsobem vyberte obraz, který chcete podrobit restauračnímu procesu (povinné jsou rozměry obrazu 512 x 1024pix)
4)  stiskněte tlačítko "načti PSF" a tradičním způsobem vyberte obraz zkreslující PSF.
5)  nyní již máte volné pole působnosti při výběru restauračního algoritmu, je možné je provést v libovolném pořadí s libovolnými parametry, ale vždy se aplikují 
    pouze na obraz načtený jako originál, nikoliv na výsledek předchozího procesu.
6)  Inverzní filtraci lze ovlivnit omezením frekvenční přenosové charakteristiky filtru, stačí zatrhnou první "checkbox a číselně zadat mez a novou hodnotu podmínku nesplňujících vzorků.
7)  Wiener lze ovlivnit zadáním hodnoty PSŠ a také v bodě 6) zmíněnými mezními hodnotami.
8)  Wiener v2 vyžaduje po stisknutí načtení vhodných vzorových obrazů pro výpočet průměrných spekter šumu a restaurovaného obrazu (v tomto pořadí). Lze jej ovlivnit opět mezními hodnotami, 
    PSŠ nemá vliv.
9)  Richardson-Lucy je automatický a neovlivnitelný.
10) tlačítkem "Originál" si můžete zpět zobrazit originální obraz a opětovným stiskem naposledy použité restaurační metody se zase vrátit bez výpočtu k danému výsledku, paměť programu je 
    však omezena pouze na poslední provedený proces.
11) Pokud máte zájem aktuálně zobrazený výsledek uložit, lze to provést pomocí tlačíta "ulož obraz". Umístění je fixní do kořenové složky, odkud je program spuštěn a není provedena indexace 
    názvů souborů, tudíž každým dalším uložením obrazu je ten původní zničen (uložení nelze provést při spuštění z média, na které nelze již zapisovat, či je proti přepsání uzamčeno).

Názvy jednotlivých funkcí odpovídají jejich účelu. 

V MAT-filech jsou přiloženy všechny použité obrazy umožňující realizaci vzorového použití. 
soubor OCTdata_fantom.mat obsahuje 60 snímků fantomových dat využitých pro vytvoření experimentálních modelů PSF v Diplomové práci. (není přítomno v elektronické verzi z důvodu velikosti, přiloženo pouze na CD)


POZOR!!
Obrazová data šumu jsou pouze v datovém formátu Tiff z důvodu omezení velikosti pro elektronickou publikaci, na CD jsou data v originální MAT kompresi.
Na médiu není přiložena funkce "deconwlucy" zodpovědná za restaurační Richardson-Lucy algoritmus, ta je v nezměněné formě využívána z "image processing toolboxu" použité verze MATLAB. 
Pokud ve Vaší verzi není tato funkce dostupná, nebude algoritmus fungovat.

Užitečnost tohoto programu při Vašich experimentech přeje

Bc. Ondřej Smékal (autor)
