SEDLÁŘ, K. Bootstrappingové metody ve fylogenetice [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2011.
Student Karel Sedlář se ve své práci zabýval statistickými technikami pro vyhodnocení fylogenetických stromů. Díky nadměrné aktivitě a značné míře vlastního přístupu se mu podařilo zkombinovat výhody dvou známých metod: bootstrappingového vyhodnocení a výpočtu konsensuálního stromu. Takto modifikovaný rekonstrukční algoritmus dává mnohem přesnější výsledky než klasické fylogenetické metody, což v práci podrobně diskutuje. Nad rámec zadání, práci rozšířil o posouzení náročnosti algoritmu a vlivu počtu vzorků na výslednou přesnost výsledku. Práce je po odborné i formální stránce na velmi dobré úrovni. Vytvořená programová aplikace je realizována precizně, uživatelsky přístupně a s velkými možnostmi praktického využití pro analýzu fylogenetických stromů. Výsledky své práce student úspěšně prezentoval na studentských konferencích. Práci doporučuji k obhajobě a hodnotím stupněm – v ý b o r n ě.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění zadání | A | 50/50 | |
| Aktivita během řešení a zpracování práce (práce s literaturou, využívání konzultací, atd.) | A | 20/20 | |
| Formální zpracování práce | A | 20/20 | |
| Využití literatury | A | 10/10 |
Předmětem obhajoby je vázaný spis o 55 stranách textu v českém jazyce. Do textu je vložena nezbytná grafická dokumentace, která velmi názorně napomáhá pochopení vysvětlované podstaty. Práce nemá klasické členění ve formě: úvod, metoda, řešení, závěr a diskuse, nicméně řešená problematika je nejprve obecně teoreticky vysvětlena a poté se detailně věnuje bootstrappingové metodě jak teoreticky tak prakticky na modelových příkladech v programu matlab. Cílem práce bylo využití metody bootstrapping jakožto statistického nástroje a zhodnotit kvalitu fylogenetických stromů a také využít bootstrapping pro vytváření konsenzuálních stromů. V úvodní kapitole popisuje student poměrně podrobně a výstižně základní pojmy spojené s tématem fylogenetiky a vysvětluje, jaká data lze použít pro analýzu. Následující kapitola objasňuje tvorbu fylogenetických stromů a vysvětluje hlavní charakteristiky jednotlivých typů. Následují kapitoly popisující jak vytvořit fylogramy a jak je statisticky otestovat a vyhodnotit tak, aby výsledek nejvíce odpovídal skutečnosti. Největší část práce je věnována bootstrappingu, jakožto nejpoužívanější metodě vyhodnocení kvality fylogenetických stromů. Tato část práce je konzistentní a podává přesvědčivou dokumentaci skutečnosti, že student využil dostupné technické prostředky a dosáhl původní výsledky nezbytné pro splnění cílů vytčených při zadání této práce. Jako přesvědčivý důkaz je i fakt, že student připravil program realizující bootstrapping, včetně názorné obrázkové dokumentace obsažené v práci. Závěr shrnuje celou práci do jedné strany podle předchozích kapitol. V práci úplně chybí diskuse, která by dle mého názoru více obsažněji přesvědčila o výjimečnosti této práce. Celkově konstatuji, že se jedná o práci technicky, rozumově i časově poměrně náročnou. Student se zhostil svého úkolu velice úspěšně a podařilo se mu získat původní vědecky hodnotné výsledky. Závěr: Bakalářská práce Karla Sedláře plně odpovídá obsahem i formou zákonným požadavkům kladeným na tento typ prací. Práce obsahuje hodnotná původní data, která by měla být publikována v odborném časopise. Doporučuji bakalářskou práci Karla Sedláře k obhajobě a hodnotím známkou A.
| Kritérium | Známka | Body | Slovní hodnocení |
|---|---|---|---|
| Splnění požadavků zadání | A | 20/20 | |
| Odborná úroveň práce | A | 48/50 | |
| Interpretace výsledků a jejich diskuse | A | 18/20 | |
| Formální zpracování práce | A | 9/10 |
eVSKP id 39571