HAVLÍK, K. Metody vyhledávání tandemových repetic v DNA sekvencích [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2015.
Student Kryštof Havlík vypracoval kvalitní bakalářskou práci na téma Metody vyhledávání tandemových repetic v DNA sekvencích. Během semestru přistupoval student k řešení práce zodpovědně a pravidelně konzultoval. Nastudoval dostatečný počet odborné, převážně anglicky psané literatury a využití zdrojů řádně cituje. Z formálního hlediska je práce na dobré úrovni, počet gramatických chyb je malý, avšak některé obrázky jsou zbytečně velké, na některé obrázky chybí odkaz v textu, v kapitole 5.2 chybí křížový odkaz na blokové schéma, obrázek 23 má špatné hodnoty na x-ose. Všechny body zadání byly splněny. Navržený a realizovaný vyhledávač tandemových repetic byl dostatečně otestován na umělých i reálných datech a srovnán s výsledky tří volně dostupných vyhledávačů. Výsledky testování jsou diskutovány a parametry jednotlivých vyhledávačů včetně vlastního řešení jsou porovnány.
Student Kryštof Havlík se ve své práci zabývá metodami pro vyhledávání tandemových repetic v DNA. Práce obsahuje ucelenou literární rešerši o tandemových repeticích a možnostech jejich vyhledávání především pomocí 3 vybraných volně dostupných nástrojů TRF, IMEx a Phobos. Kratší teoretický rozbor těchto metod autor vyvažuje jejich velmi podrobným testováním na několika souborech testovacích sekvencí, a to jak uměle vytvořených, tak reálných. V praktické části student navrhl novou metodu založenou na převodu sekvence do 4D binární reprezentace a následné detekci repetic pomocí spektrogramů. Vlastní metodu podrobně otestoval a porovnal se 3 vybranými metodami. Zadání práce tedy považuji za bezezbytku splněné. Z hlediska odborné úrovně nemám k práci připomínek. Práce je podložena dostatečným množstvím kvalitní literatury, která je řádně citována a intepretace výsledků a jejich diskuse je provedena velmi pečlivě. Po formální stránce je práce také na dobré úrovni, obsahuje pouze minimální množství překlepů. Diskutabilní je ovšem kvalita některých obrázků především z úvodních kapitol práce. Funkčnost grafického rozhraní přiložené uživatelské aplikace je úzce vázaná na Matlab R2014a, v jiných verzích nepracuje optimálně. Celkově považuji toto rozhraní jako zbytečné, samotný kód ve formě funkcí je dostatečným výstupem a funguje bez problémů. Protože všechny moje výtky jsou především formálního charakteru a práce přináší zajímavé původní výsledky, doporučuji práci k obhajobě a pokládám ji za velmi zdařilou.
eVSKP id 84346