MOLÍKOVÁ, A. Zpracování a analýza lidského plicního mikrobiomu z nanopórových sekvenačních dat [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2023.
Studentka Anna Molíková vypracovala bakalářskou práci zabývající se plicním mikrobiomem, která má od úvodu po závěr 47 stran. Práce obsahuje odpovídající teoretickou rešerši, která poskytuje čtenáři potřebný vhled do dané problematiky. V praktické části práce studentka navrhla algoritmus pro zpracování a vyhodnocení nanopórových sekvenačních dat pro analýzu složení lidského plicního mikrobiomu. Jelikož se jedná o velmi nové téma, je značně omezena dostupnou relevantní literatury, proto pozitivně hodnotím, že si studentka dovedla se zpracováním dat poradit. V sestavených bakteriálních kontizích vyhledala kromě genů rezistenci i faktory virulence, což oceňuji. Výtku mám ke grafické prezentaci taxonomického složení jednotlivých vzorků, které zabírá 14 stran. Studentka mohla uvést grafy jen pro několik vybraných vzorků a ostatní přiložit do příloh, stejně tak, jak to udělala u taxonomických stromů. Text práce je na dobré úrovni, bez překlepů. V práci je citováno 40 zdrojů, převážně se jedná o zahraniční publikace. Studentka na práci během semestru aktivně pracovala, na konzultace chodila připravená s věcnými dotazy. Práci tedy doporučuji k obhajobě a hodnotím ji stupněm A/92 bodů.
Předložená bakalářská práce na téma “Zpracování a analýza lidského plicního mikrobiomu z nanopórových sekvenačních dat” je vypracována na celkem 47 stranách od úvodu po závěr. Práce cituje celkem 40 zdrojů, především anglicky psané odborné literatury. Po formální a jazykové stránce je práce na dobré úrovni. Práce se zabývá poměrně novým využitím nanopórového sekvenování pro analýzu mikrobiomu. V teoretické části studentka popisuje plícní mikrobiom a metody jeho určování. Teoretický úvod poskytuje dostatečný úvod do studované problematiky. Kapitolu 2.1 a 2.2 považuji vzhledem k tématu práce za zbytečnou. V praktické části studentka představuje způsob zpracování sekvenačních dat od úvodního začištění, přes mapování až po identifikaci genů antibiotické resistence. Při identifikaci metagenomu zvolila studentka přístup vytvoření kontigů a následného taxonomického zařazení. Grafy zcela zaplňující strany 36-52 by bylo možné sjednotit a prezentovat kompaktněji. V kapitole 5.4 Vyhodnocení alpha a beta diverzity se studentka dopouští chyby když zaměňuje počet nalezených bakteriálních druhů s alfa diverzitou. Dále se odkazuje na beta diverzitu, která však v práci spočítána není. Vzhledem k výše zmíněnému považuji práci za dobrou, hodnotím stupněm B/85b a připojuji otázky k obhajobě.
eVSKP id 150820