COUFAL, P. Využití pokročilých difuzních metod v analýze neurologických onemocnění [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2025.
Student se zabývá pokročilými metodami zpracování difuzního MRI pro studie zaměřené na: roztroušenou sklerózu, epilepsii a konečně výzkum funkce glymfického systému u pacientů s Parkinsonovou chorobou. Práce má logické členění a její teoretická část je velmi dobře zpracovaná dostatečného rozsahu, minimem nedostatků (v textu, záměna termínů vlastní číslo a vlastní vektor atd.) a nepřesností. Student pravidelně konzultuje a postupem času se z něj stal plnohodnotným členem neurovědního výzkumného programu na CEITEC, Masarykova univerzita. Studentovým úkolem bylo nastavit procesy a pro optimální předzpracování a výpočet parametrických map a traktografií s využitím pokročilých nejaktuálnějších metod. Prostudoval dostupné balíky nástrojů pro difuzní MRI a po společných konzultacích jsme se rozhodli využít balík nástrojů MRTRIX3. (FSL a další jsou povinné prerekvizity). Samostatně pak navrhnul a realizaci výpočtů ALPS indexu pro studii glymfického systému, nejprve s vysokou dávkou manuální práce, později využil automatických algoritmů pro výběr požadovaných oblastí zájmu, odstranil lidský faktor tím se zmenšila variabilita a odstranil i některé nedostatky, které se objevili v první verzi. Student odvedl velký díl práce, průběžně zpracovával data ze tří velkých výzkumných studií s celkem více nežli 250 subjekty. Průběžně dodával výsledky kolegům z CEITECu Masarykova Univerzita, některé části studie jsou aktuálně v recenzním řízení, část je předaná k dalším analýzám a optimalizaci multimodalitních modelů např. k lokalizaci epileptogenních ložisek atd. V práci poměrně podrobně popisuje všechny kroky, které dělal osobně a sběžně i co se daty děje, či má dít následně. Jediné co v práci chybí, je větší než základní statistické zhodnocení výsledků. To bude probíhat společně korelacemi s ostatními modalitami a vyšetřeními (po jejich kompletaci) v následujících měsících a bude za něj zodpovídat statistik. Student Bc. Petr Coufal splnil zadání diplomové práce, navrhuji hodnocení známkou výborně (A - 96 bodů).
Diplomová práce Bc. Petra Coufala se věnuje tématu Využití pokročilých difuzních metod v analýze neurologických onemocnění. V teoretické části se student se zabývá popisem principu magnetické rezonance se zaměřením na difuzně vážené zobrazování, popisem pokročilých technik difusního MRI a přehledem dostupných softwarů pro zpracování dat. Text je přehledný, logicky navazuje, obsahuje relevantní obrázky a rovnice, práce s citacemi je korektní. Zejména v kapitole 2 se ale student dopouští nepřesností – například při popisu difusního elipsoidu zaměňuje vlastní vektory a vlastní čísla tensoru. Nesprávné je tvrzení, že „rozdílem DKI proti DTI je dosazení parametru K namísto vlastního vektoru “, nebo že pokročilejší metody mohou překonat nízké prostorové rozlišení DTI. Na některých místech používá termíny „metoda“ a „modalita“ tam, kde bylo vhodné spíše označení „biomarker“ nebo „parametr“. V praktické části měl student zpracovat reálné datasety poskytnuté z výzkumné laboratoře MAFIL CEITEC Masarykovy Univerzity. Student se věnoval práci na třech datasetech, celkem více než 250 subjektů. To byl pravděpodobně pro potřeby diplomové práce příliš ambiciózní úkol, což v podstatě sám přiznává, když u všech datasetů píše, že výsledky jsou pouze předběžné. Z mého pohledu by, pro potřeby DP, bylo vhodnější se do větší hloubky fokusovat na menší oblast zájmu a třeba i hlubší diskusi výsledků. Stran analýzy ALPS indexu by bylo vhodné zařadit aspoň základní statistický test pro porovnání rozdílů mezi skupinami. U datasetu s DKI daty by byl vhodný stručný popis jednotlivých klasifikátorů. U poslední studie se píše, že analýza je ve fázi předzpracování, aniž by bylo upřesněno, jak bude výzkum pokračovat. Student objektivně odvedl velké množství práce, už jen samotné předzpracování difusně vážených MRI dat je komplikovaná a časově i výpočetně náročná záležitost. Postupy analýzy jsou korektní, diskutované s odborníky z laboratoře MAFIL. Jak již bylo napsáno, praktická část je široce rozkročená a výsledky spíše popsané, než diskutované, čímž diplomová práce na čtenáře může působit opravdu „předběžně“. Je škoda, že student nevěnoval více energie tomu, aby dobře odvedenou analytickou práci dokázal v textu lépe odprezentovat. Zejména z tohoto důvodu navrhuji hodnocení velmi dobře (B - 89 bodů).
eVSKP id 167552