KLÍMOVÁ, M. Predikce sekundární struktury RNA sekvencí [online]. Brno: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií. 2015.
Předložená diplomová práce je po formální stránce průměrná, některé obrázky by mohly mít lepší kvalitu, či font proměnných ze vzorců by v textu měl být odlišný. Teoretický úvod je dostatečný, popis prediktivních metod je sice stručný, ale pochopitelný. Množství nastudované literatury, i cizojazyčné, je dostatečné. Ačkoliv studentka práci konzultovala téměř pravidelně a algoritmus vybraný k realizaci patří spíše k těm jednodušším, funkční verze programu byla hotova krátce před odevzdáváním práce, a tudíž analýza dat je značně stručná. Vlastní realizace Zukerova algoritmu postrádá slovní popis, je reprezentován pouze sledem pseudokódů a vývojových diagramů. Základní princip algoritmu je sice popsán v teoretické části, ale vlastní realizace by měla mít popis podrobnější. Realizovaný program je funkční, avšak pouze ve formě skriptu, pro změnu načítané sekvence RNA k predikci je nutné zasáhnout přímo do kódu. Vyhodnocení výsledků predikce pěti sekvencí RNA je v textu práce pouze formou tabulky volných energií, tabulek procentuální shody párovaných bází a grafickou reprezentací. Slovní zhodnocení výsledků je uvedeno pouze stručně v závěru. I přes uvedené výtky lze zadání práce považovat za splněné.
Studentka Markéta Klímová vypracovala diplomovou práci na téma predikce sekundární struktury molekul RNA. Součástí zadání měla být realizace vlastního software (vybraná existující metoda) a otestování na sadě sekvencí. Z formálního hlediska je práce dobře strukturovaná s podrobným a relevantním teoretickým rozborem. Prediktivní metody jsou popsány velmi stručně, nicméně z ohledem na zaměření práce dostatečně. V kapitole 5. Popis realizovaného řešení algoritmem podle Zukera je uveden požadovaný algoritmus v pseudokódu a vývojové diagramy vytvořeného software. Jejich pochopení je však pro čtenáře obtížné, protože pseudokód ani vývojové diagramy nejsou doprovázeny žádným vysvětlujícím textem, který by zdůvodňoval výběr programových struktur či jednotlivých kroků. Význam některých označení je nutné hledat v obecném popisu metody v kapitole 3.2.1 Zukerův algoritmus a i přes to jsou některé části pseudokódu nejasné. Například „S(i) a S(j) se párují“ pravděpodobně znamená test, zda S(i) a S(j) jsou totožné. Dále se například bez vysvětlení pracuje s konstantou 1.000.000. Popsaný pseudokód pravděpodobně přesně odpovídá Zukerovu algoritmu (což je v pořádku), nicméně to není uvedeno a podrobný popis pseudokódu by lépe umožnil srovnání. Vytvořený software byl testován na sadě 5 sekvencí RNA v délce 20 až 76 nukleotidů. Počet použitých sekvencí a jejich délka však postačuje pouze na ověření funkce vytvořeného software a na zběžné posouzení shody s výstupy jiných programů. Skutečné ověření by muselo proběhnout na mnohem větším počtu delších sekvencí. Výsledky práce v této části tak lze považovat za spíše dílčí, i když slibné. Přes uvedené nedostatky jsou v práci některé hodnotné akceptovatelné výsledky.
eVSKP id 84425